po uwięzieniu w izolatce, Thomas zostaje ostatecznie uwolniony przez Jansona (zwanego „Rat Man”), który jest zastępcą dyrektora WICKED (World In Catastrophe Killzone Experiment Department). Janson mówi Gladersom (Grupa A) i grupa B, że większość ich liczby jest odporna na flarę, ale niektórzy, których nazwiska czyta, nie są odporni, w tym traszka. Gladersowie mają szansę usunąć żetony kontroli umysłu w ich głowach i przywrócić im wspomnienia, ale kosztem zdolności Thomasa do telepatycznej komunikacji z Teresą i Arisem. Tylko Thomas, Minho i Newt postanawiają nie poddawać się operacji, ponieważ nie ufają WICKEDOWI, a Thomas nie chce wiedzieć, kim był, gdy pomagał tworzyć labirynt. Wszyscy trzej uciekają z WICKED z Pomocą Brendy i Jorge, zanim ich żetony zostaną usunięte.

Brenda i Jorge ujawniają, że pracują dla WICKED. Thomas początkowo czuje się zdradzony, ale Brenda przekonuje go, by jej wybaczył. Wkrótce potem Gladers odkrywają, że wszyscy, którzy przeszli przywracanie pamięci, porzucili je. Newt daje Thomasowi notatkę i mówi mu, aby ją otworzył ” kiedy nadejdzie odpowiedni czas.”Następnie piątka podróżuje do Denver, aby znaleźć Hansa, byłego nikczemnego badacza, który może usunąć ich żetony kontroli umysłu. Tam mężczyzna w czarnym garniturze kieruje ich pod adres, gdzie czeka na nich Gally. Gally dołączył do grupy rebeliantów the Right Arm i wyjaśnia, że WICKED łapie wszystkich odpornych, których znajdzie, aby przygotować kolejny cykl prób. Ujawnia również, że w rozpadających się miastach żyje wielu, którzy cierpią z powodu rozbłysku, ale przyjmują nielegalny narkotyk, który spowalnia funkcjonowanie mózgu i pomaga złagodzić ból, który korby odczuwają od rozbłysku.

Grupa odnajduje Hansa, który usuwa chip kontrolny Minho. Jednak WICKED używa Chipa Thomasa, aby zmusić go do oparcia się procedurze. Brenda, Jorge i Minho muszą go przytrzymać, aby Hans przeprowadził operację. Następnie Grupa odwiedza kawiarnię, gdzie strażnik zatrzymuje Thomasa, aby sprzedać go łowcy nagród, którzy zabiorą go do WICKED. Janson interweniuje w holografie, wysyła radiowóz na ratunek Thomasowi i mówi mu, że musi wrócić do WICKED”, aby uratować Newta.”Thomas i jego przyjaciele dowiadują się w notatce, że Newt został zabrany do korb. Minho przekonuje ich, aby udali się do Denver Crank Palace, aby uratować Newta, gdzie przekupią strażników, aby się tam dostali. Gdy spotykają traszkę, gniewnie nakazuje im odejść, a inni wyganiają ich. Thomas pamięta notatkę Newta, czyta ją i odkrywa, że błagał Thomasa, by go zabił. Thomas rozpacza nad tym, że wcześniej nie przeczytał notatki.

Po powrocie do Denver Thomas widzi, że Newt uległ Flarze. Thomas odpowiada na prośby Newta, strzelając mu w głowę jako akt miłosierdzia. Grupa odkrywa, że Teresa i inni Immunowie zostali schwytani. Po znokautowaniu strażników odkrywają, że strażnikami dowodził Vince, przywódca prawej ręki, który wyjaśnia, że infiltrowali siedzibę WICKED ’ a. W środku Thomas odkrywa, jak Janson próbował wykorzystać swoją próbę „uratowania Newta”, aby zebrać dane do wyleczenia, badając fizyczną strukturę mózgu Thomasa, która mogłaby go zabić. Thomas jest zmuszony do rozpoczęcia śmiertelnej operacji mózgu, ale udaje mu się podłożyć urządzenie, które wyłącza Broń WICKED ’ a, co pozwala prawej ręce rozpocząć szturm na placówkę.

Thomas budzi się, aby znaleźć notatkę od kanclerz Avy Paige, szefa WICKED, która wyjaśnia, że jest już wystarczająco dużo środków z prób, aby stworzyć plan leczenia, a więc jego mózg nie jest jednak potrzebny. Paige ujawnia lokalizację Immunów ” sprzedanych „przez prawą rękę, aby uzyskać dostęp do WICKED, a ona daje wskazówki do” bezpiecznego miejsca”, w którym Thomas powinien zabrać ich wszystkich. Thomas i jego przyjaciele ponownie wchodzą do labiryntu i odnajdują schwytanych Immunów. Jednak dowiadują się, że prawa ręka zamierza zniszczyć, a nie zająć niegodziwe siedziby. Wybuchy kołyszą labirynt, a spadające odłamki zabijają niektórych Immunów, którzy są w środku. Wywołane przez zamieszanie, żale wychodzą z magazynu, ale Teresa pokazuje Thomasowi, jak je zamknąć. Thomas znajduje tylne drzwi, które okazuje się być płaskim transem. Zaczynają wypędzać Odporne dzieci przez płaski Trans, ale zanim Thomas i jego przyjaciele zdołają uciec, Janson i ochroniarze ich uganiają. Zaczynają walkę, która kończy się, gdy Thomas dusi Jansona na śmierć. Jednak Teresa również ginie od spadających szczątków, próbując uratować życie Thomasa. Uciekając z budynku, Immunowie uciekają przez płaski Trans, który prowadzi do bujnego raju.

epilog opowiada Paige. Ujawnia, że po katastrofalnych rozbłyskach słonecznych, rozbłysk został celowo stworzony i uwolniony przez rząd jako forma kontroli populacji. Jednak rząd i WICKED nie byli w stanie kontrolować plagi. Paige zdała sobie sprawę, że nigdy nie będą w stanie znaleźć lekarstwa na flarę, a wysiłki WICKED ’ a były daremne. Zdała sobie sprawę, że jedyną nadzieją na zapobieżenie wyginięciu ludzkości jest stworzenie własnego społeczeństwa, z dala od reszty świata. Wymyśliła plan z Brendą i Jorge, aby wysłać ich w bezpieczne miejsce, aby mogli przywrócić ludzką cywilizację, więc stwierdziła: „WICKED is good.”