Wyspy łabędzie zostały odkryte przez Krzysztofa Kolumba w 1502 roku i nazwane Islas De Las Pozas. W XVIII wieku zmieniono nazwę na Wyspy Swan, na cześć kapitana Swana, kapitana Cygnetu, którego Piraci schwytali i zmusili do przyłączenia się do nich.

Amerykańscy przedsiębiorcy zaczęli eksportować guano jako nawóz w 1840 roku. amerykańska firma „Atlantic and Pacific Guano Company” z siedzibą w Nowym Jorku została założona w 1840 roku i rozpoczęła eksport nawozu, opartego na guano zebranym na Wyspach łabędzi. W 1856 roku Stany Zjednoczone przejęły Wyspy. W kwietniu 1857 roku John Valentine White przejął Wyspy na mocy ustawy o Wyspach Guano; jeszcze w tym samym roku przekazał całe zainteresowanie tymi wyspami Karolowi Sternsowi, Josephowi W. Fabensowi i Duffowi Greenowi. Messers Sterns, Fabens i Green założyli Atlantic and Pacific Guano Company, która w 1858 roku wyemitowała 50 000 akcji po cenie 100 dolarów za łączną kapitalizację 5 000 000 dolarów. Firma wydała nawet walutę, podpisaną przez Williama H. Whitfielda, w nominałach 25 centów, 50 centów i 1 dolara 1 czerwca 1867, aby ułatwić handel na wyspach.

później, firma chemiczna kupiła Wyspy, ale stała się niewypłacalna. Kapitan Alonzo Adams popłynął tam w 1893 roku i objął w posiadanie wyspy; w 1904 roku przekazał własność Swan Island Commercial Company. Firma ta wydzierżawiła część Wyspy Great Swan United Fruit Company, która wyhodowała palmy kokosowe i założyła bezprzewodową stację przekaźnikową do obsługi floty karaibskiej, ale ostatecznie zrezygnowała z dzierżawy. Firma Swan Island Commercial Company dostarczała dane z monitoringu huraganów w latach 1928-1932. Od 1938 roku Amerykańskie biuro meteorologiczne obsługiwało stację meteorologiczną na Great Swan, ale obsadziło ją tylko w sezonach huraganów.

podczas II wojny światowej zarówno Marynarka Wojenna Stanów Zjednoczonych, jak i biuro meteorologiczne Stanów Zjednoczonych stacjonowały na wyspie. W późnych latach 1940-1949 Wyspa Swan stała się stacją kwarantanny dla zwierząt Departamentu Rolnictwa USA do przywozu wołowiny. W 1914 roku National Weather Service (NWS), a później Federal Aviation Agency (FAA) utworzyły na Swan aktywa meteorologiczne i komunikacyjne w celu wsparcia służb lotniczych i działań związanych z prognozowaniem huraganów. FAA opuściła Swan Island w latach 60., pozostawiając NWS wszystkie aktywa i obowiązki.

Honduras rościł sobie prawo do tych wysp od 1923 roku, twierdząc, że ponieważ Kolumb odkrył te wyspy podczas żeglugi do Hiszpanii, powinny one być własnością najbliższego hiszpańskojęzycznego kraju. Zarówno Stany Zjednoczone, jak i Honduras domagały się wysp łabędzi, dopóki Stany Zjednoczone nie wycofały swoich roszczeń na mocy ustawy o Wyspach Guano. Traktat został podpisany 22 listopada 1971 roku, a wyraźny tytuł Hondurasu wszedł w życie 1 września 1972 roku. Własność wyspy od dawna była przedmiotem sporów. Rodzina Sumner Smith zawsze utrzymywała swoją własność i najwyraźniej miała pewną pozycję w USA.S. sądy. Niemniej jednak rząd amerykański zdecydował się porzucić swoje roszczenie pomimo tego stanowiska (ref. D s Platt, et al., NOAA-NWS). Wyspy zyskały rozgłos na początku lat 60. XX wieku dzięki działalności Radia Swan, które rozpoczęło nadawanie w maju 1960 roku podczas przygotowań do inwazji na Kubę w Zatoce Świń, a później jej przeprowadzenia. Stacja została usunięta z wysp pod koniec lat 60., jej główny Nadajnik został następnie przekazany do użytku w wojnie wietnamskiej.

w 1965 roku, w Bellaire w Teksasie, policja przesłuchała byłego licealistę Bellaire ’ a o jego roli w nastoletniej „armii” poświęconej uwalnianiu „uciskanych krajów” – donosi Houston Chronicle. Grupa, zwana Kononiers, istnieje od około pięciu lat, student powiedział gazecie, i został uzbrojony przez serię włamań do sklepu zbrojeniowego Deep River. Broń zabierano w rejon zbiornika Addicks, gdzie szkolili się do walki. Młodzież trenowała do „operacji wyzwolenie Wyspy Łabędzia” u wybrzeży Hondurasu.

w 1987 roku Los Angeles Times poinformował, że CIA i inne amerykańskie agencje rządowe miały na wyspie Swan tajny ośrodek szkoleniowy dla Nikaraguańskich Contras. W 1989 roku prezydent Hondurasu Rafael Leonardo Callejas ogłosił wyspę chronionym schronieniem dla dzikich zwierząt.

w październiku 1998 roku huragan Mitch przeszedł przez obszar z wiatrem 290 km/h (180 mph).

w 2001 roku Swan Island Development, LLC, Z Brooksville na Florydzie, ogłosiła plany rozwoju Wysp Swan do 2010 roku, we współpracy z rządem Hondurasu. Przewidywano luksusowe nieruchomości i hotele, wyceniane na pięć miliardów dolarów, z głównym miastem o nazwie Cygnet. W 2004 roku Swan Island Development ogłosiło również plany utworzenia Centrum Badań nad ludzkimi komórkami macierzystymi. Od 2021 r. żadne z nich nie miało miejsca.