w pierwszym poście dotyczącym filogenezy przedstawiłem kilka podstawowych terminologii filogenetycznej przy użyciu filogenezy batonika. Głównym punktem jest to, że układ (aka – topologia) gałęzi i węzłów ilustrował, w jaki sposób batony (aka – taksony) były ze sobą powiązane w oparciu o ich cechy (w tym przypadku kształt lub smak cukierków). Jednak być może zauważyłeś wiele fałszywych relacji.

na przykład (rysunek 3A):
• Czy paszteciki z mięty pieprzowej York i Mash Wiśniowy są naprawdę taksonami siostrzanymi tylko dlatego, że są okrągłe?
• co łączy klady orzeszków ziemnych i kokosowych jako taksony siostrzane?
* w kladzie peanut butter, czy masło orzechowe (Reece ’ s Peanut Butter Cups) jest siostrą orzeszków ziemnych (PayDay) czy nadzieniem „peanut butter-y” (Butterfinger)?
* jaki jest wspólny przodek cukierków „Drops” i „Flat Bar”?

odpowiedź jest taka, że niektóre relacje w oryginalnym drzewie nie mają sensu. Zmusiłem taksony do pełnego rozwidlenia drzewa (rysunek 3A). Możemy jednak wyświetlić niejednoznaczność, nie zmuszając drzewa do rozwidlenia się i pozwalając na polytomies na drzewie (rysunek 3B). Politomie mogą reprezentować niepewność w danych lub brak informacji. Rozpoznanie, czy politomia oznacza niepewność lub brak informacji, zależy od badacza i jego wiedzy na temat systemu i danych. Mogą być w stanie zebrać więcej danych (ex – dodatkowe taksony lub więcej cech charakteru), aby rozwiązać drzewo. Jednak niektóre politomie nie mogą być rozwiązane i po prostu odzwierciedlają niepewność, którą badacze muszą uwzględnić, postępując w swoich analizach.

waga nadana cechom przyczynia się do różnicy między drzewami rozwidlającymi (ryc. 3a) i politomicznymi (ryc. 3b). Kiedy rozważano kształt cukierka (ryc. 3A), grupy smakowe taksony w pobliżu końcówek, ale grupy kształtowe klady bliżej korzenia. Jednak, gdy nie rozważano kształtu, grupowanie odbywało się tylko przez smak i nie było wystarczających danych, aby w pełni rozwidlić drzewo w pobliżu korzenia, ponieważ niektóre klady nie miały wielu profili smakowych.

chociaż politomia może być frustrująca, ponieważ wszystkie relacje między taksonami nie są opisane, są one bardzo realną częścią budowania i interpretacji filogenezy. W związku z tym politomie są również realną częścią interpretacji wzorców ewolucyjnych. (Na tej interaktywnej stronie internetowej można zobaczyć wiele polytomies w Drzewie Życia.)