O Cisne Ilhas foram descobertas por Cristóvão Colombo em 1502 e nomeado o Islas de las Pozas. No século XVIII, eles foram renomeados para Ilhas Cisne, em homenagem ao Capitão Swan, o capitão do Cygnet, que os piratas capturaram e forçaram a se juntar a eles.os empresários americanos começaram a exportar guano como fertilizante na década de 1840. Em 1856, os Estados Unidos aparentemente reivindicaram as ilhas. Em abril de 1857, John Valentine White reivindicou as ilhas, em virtude da Lei das Ilhas Guano; mais tarde naquele ano, ele transferiu todo o interesse nestas ilhas para Charles Sterns, Joseph W. Fabens e Duff Green. Messers Sterns, Fabens e Green incorporaram a Atlantic and Pacific Guano Company, que emitiu 50.000 ações a um preço de US $100 cada para uma capitalização total de US $5.000.000 em 1858. A empresa até emitiu moeda, assinada por William H. Whitfield, em 25 cêntimos, 50 cêntimos e denominações de um dólar em 1 de junho de 1867, para facilitar o comércio nas ilhas.subsequentemente, uma empresa química comprou as ilhas, mas tornou-se insolvente. O capitão Alonzo Adams navegou para lá em 1893 e tomou posse das ilhas; em 1904, ele atribuiu a propriedade à Swan Island Commercial Company. Essa empresa alugou parte da Great Swan Island para a United Fruit Company, que cultivou coconut palms e criou uma estação de rádio sem fio para servir a sua frota caribenha, mas eventualmente abandonou o contrato. The Swan Island Commercial Company provided hurricane monitoring data from 1928 to 1932. O U. S. Weather Bureau manned a hurricane weather station on Great Swan from 1938 onward, but staffed it only during hurricane seasons.durante a Segunda Guerra Mundial, tanto a Marinha dos Estados Unidos quanto o Bureau meteorológico dos Estados Unidos estacionaram pessoal na ilha. No final da década de 1940 até 1949, Swan Island tornou-se uma estação de quarentena animal do Departamento de Agricultura dos Estados Unidos para a importação de carne de bovino. Em 1914, o que agora é o Serviço Meteorológico Nacional (NWS) e, mais tarde, a Agência Federal de Aviação (FAA) criou ativos meteorológicos e de comunicação na Swan para apoiar serviços aeronáuticos e atividades de previsão de furacões. A FAA partiu da Ilha dos cisnes na década de 1960, deixando ao NWS todos os bens e responsabilidades. Honduras reivindicou estas ilhas a partir de 1923, afirmando que, como Colombo tinha descoberto as ilhas enquanto navegava para a Espanha, elas deveriam ser de propriedade do País de língua espanhola mais próximo. Ambos os Estados Unidos e Honduras reivindicaram as Ilhas Swan até que os Estados Unidos desistiram de sua reivindicação ao abrigo da Lei das Ilhas Guano. Um tratado foi assinado em 22 de novembro de 1971, e o título claro de Honduras entrou em vigor em 1 de setembro de 1972. A propriedade da ilha estava em disputa há muito tempo. A família Sumner Smith sempre manteve a sua propriedade e, aparentemente, tinha alguma posição na U.S. courts. No entanto, o governo americano optou por abandonar a sua reivindicação apesar desta posição (ref. D s Platt, et al., NOAA-NWS). As ilhas ganharam notoriedade no início dos anos 1960 com as atividades da Radio Swan, que começou a transmitir em maio de 1960 durante a preparação e, mais tarde, a condução da Invasão da Baía dos Porcos em Cuba. A estação foi removida das ilhas no final da década de 1960, seu principal transmissor, então transferido para uso na guerra do Vietnã.

em 1965, Bellaire, Texas, A polícia questionou um ex-estudante do Ensino Médio Bellaire sobre seu papel em um “exército” adolescente dedicado a libertar “países oprimidos”, informou o Houston Chronicle. O grupo, chamado de Kononiers, existia há cerca de cinco anos, disse o estudante ao jornal, e estava armado através de uma série de assaltos à loja de armários de Deep River. As armas foram levadas para a área de Addicks Reservoir, onde treinaram para o combate. Os jovens estavam treinando para a” operação Cisne de Libertação ” nas Honduras.em 1987, o Los Angeles Times informou que a CIA e outras agências governamentais americanas tinham um centro de treinamento secreto na Ilha Swan para os contras Nicaraguenses. Em 1989, o presidente de Honduras, Rafael Leonardo Callejas, declarou A ilha Um refúgio de vida selvagem protegido.em outubro de 1998, o furacão Mitch atravessou a área com ventos de 290 km/h.em 2001, Swan Island Development, LLC, De Brooksville, Flórida, anunciou planos para desenvolver as Ilhas Swan até 2010, em parceria com o governo de Honduras. Imóveis de luxo e hotéis, avaliados em cinco bilhões de dólares, foram previstos, com uma cidade principal chamada Cygnet. Em 2004, o Swan Island Development também anunciou planos para estabelecer um centro de pesquisa de células estaminais humanas. A partir de 2021, nenhum dos quais ocorreu.