Este capítulo discute brevemente a origem das espécies de Darwin e seu volume companheiro a variação de animais e plantas sob domesticação. Foi no segundo grande livro que Darwin fez um amplo levantamento de toda a gama de variações e hereditariedade, e desenvolveu sua Pangênese, uma teoria celular expandida e uma teoria genética unificada que fortaleceria sua teoria da evolução e explicaria os numerosos fenômenos da vida. A suposição essencial da Pangenese é a existência de partículas ou moléculas herdadas chamadas gemmules, e sua produção por células em cada estágio de desenvolvimento. Ele assumiu que, além de o processo das divisões celulares, as células também poderia “jogar fora” numerosos e minutos gemmules, que foram capazes de auto-replicação e de dormência, a difusão de célula a célula ou a circulação através do corpo, modificação pelos efeitos do uso e desuso ou mudanças ambientais, a união com nascente células, agregação em gomos e de células germinativas, e a transmissão de pais para filhos. Por sua Pangênese, Darwin não só explica o geral fenômenos pertencentes à herança, variação, desenvolvimento e reprodução, mas também a herança de caracteres adquiridos, prepotency, enxerto de hibridação, reversão, regeneração, xenia, telegony, a transposição, ligados ao sexo herança, a herança e não a herança de mutilação, e muitos outros fatos. Darwin chamou Pangenesis de seu “filho amado”, e acreditava firmemente que ” vai se tornar verdade um dia!”