Adso de Melk relata como, em 1327, como um jovem noviço Franciscano (Beneditino na novela), ele e seu mentor, o frade Franciscano William de Baskerville, viajou para uma abadia Beneditina, no norte da Itália, onde os Franciscanos foram ao debate papal emissários a pobreza de Cristo. A Abadia possui um famoso scriptorium onde os escribas copiam, traduzem ou iluminam livros. O monge Adelmo de Otranto —um jovem mas famoso iluminador de manuscritos— foi suspeitosamente encontrado morto numa encosta abaixo de uma torre com apenas uma janela que não pode ser aberta. O abade procura ajuda de Guilherme, que é conhecido por seus poderes dedutivos. William é relutantemente atraído pelo desafio intelectual e seu desejo de refutar medos de um culpado demoníaco. Guilherme também se preocupa que o abade convoque oficiais da Inquisição se o mistério permanecer por resolver.Guilherme rapidamente deduziu que Adelmo cometeu suicídio, tendo saltado de uma torre próxima com uma janela, e que a encosta da colina fez com que o corpo rolasse abaixo da outra torre. A solução de Guilherme alivia brevemente os medos dos monges, até que outro monge seja encontrado morto, ominosamente flutuando em uma cuba de sangue de porco. A vítima é Venâncio, um tradutor de grego e o último homem a falar com Adelmo. O cadáver tem manchas negras num dedo e na língua. A morte do tradutor reacende os medos dos monges de um culpado sobrenatural, temores reforçados quando o Santo frade franciscano Ubertino de Casale adverte que as mortes se assemelham a sinais mencionados no Livro do Apocalipse. No scriptorium, Guilherme inspeciona a mesa de Adelmo, mas é bloqueado pelo irmão Berengar, o bibliotecário assistente. O irmão Malachia, o bibliotecário chefe, nega o acesso do William ao resto do edifício.William encontra Salvatore, um corcunda demente, e seu protetor, Remigio da Varagine, o violoncelista. Guilherme deduziu que ambos eram Dulcinitas, membros de uma seita herética e militante que acredita que o clero deveria ser empobrecido. Guilherme não suspeita de assassinato, porém, porque Dulcinitas têm como alvo bispos ricos, não monges pobres. No entanto, o passado de Remigio dá a Guilherme vantagem em aprender os segredos da Abadia. Salvatore diz a William que Adelmo se cruzou com Venâncio na noite em que Adelmo morreu. Enquanto isso, Adso encontra uma bela, semi-selvagem, camponesa que entrou sorrateiramente na Abadia para trocar favores sexuais por comida, e é seduzida por ela.retornando naquela noite para a mesa de Venâncio, Guilherme encontra um livro em grego, e um pergaminho com escrita grega, manchas de uma cor misturada por Adelmo para livros iluminantes, e símbolos crípticos escritos por um homem canhoto usando tinta invisível. Berengar entra no scriptorium escurecido, distrai William e rouba o livro.

Berengar é mais tarde encontrado afogado em um banho e manchas de suporte semelhantes aos de Venâncio. Guilherme narra suas conclusões de que a morte de Adelmo foi de fato suicídio, devido a ceder aos pedidos de Berengário por favores homossexuais. Venâncio recebeu um Pergaminho de Adelmo antes da morte de Adelmo, e Berengário é o único canhoto da Abadia. William teoriza que o Tradutor transcreveu as notas gregas sobre o Pergaminho de um livro, e que o livro é de alguma forma responsável pelas mortes. O abade não está convencido e, queimando o pergaminho, ele informa Guilherme que a Inquisição — na pessoa de Bernardo Gui, um velho adversário de Guilherme de seu tempo anterior como Inquisidor — já foi convocada.determinado a resolver o mistério antes de Gui chegar, William e Adso descobrem uma vasta biblioteca escondida acima do scriptorium. Guilherme suspeita que a Abadia escondeu os livros porque grande parte do seu conteúdo vem de filósofos pagãos. Gui encontra Salvatore e a camponesa lutando por um galo preto enquanto na presença de um gato preto. Para Gui, esta é uma prova irrefutável de bruxaria, e ele tortura Salvatore em uma falsa confissão. À medida que os irmãos Franciscanos de Guilherme e os delegados papais chegam, o debate começa. O herbalista da Abadia, depois de dizer a Guilherme que ele encontrou um livro escrito em grego em seu dispensário, é assassinado pelo que é revelado ser Malaquia. O último engana Remigio para tentar escapar, fazendo com que ele seja preso pelos guardas de Gui e acusado dos assassinatos.Remigio, Salvatore e a rapariga são levados a tribunal. Lembrando William, Gui escolhe-o para se juntar ao abade como juiz do tribunal. No julgamento, Remigio orgulhosamente admite seu passado Dulcinita e, sob as ameaças de tortura de Gui, também confessa falsamente aos assassinatos. William aponta que os assassinatos estão ligados ao livro grego, que Remigio não conseguiu ler, e adverte que a execução de Remigio não vai acabar com os assassinatos. Gui organiza que os prisioneiros sejam queimados na fogueira, enquanto Guilherme será levado para Avignon. Os delegados papais condenam os Franciscanos pela obstinação de Guilherme e encerram o debate.enquanto os monges se preparam para queimar prisioneiros de Gui, Malaquia é encontrada morrendo, com manchas negras em sua língua e dedo. Apesar da morte de Malachia justificar o aviso de Guilherme, Gui toma-o como prova de que Guilherme é o assassino, e ordena a sua prisão. Fugindo dos guardas de Gui, Guilherme e Adso reentram na biblioteca secreta e vêm cara a cara com o cego Venerável Jorge, o mais velho denizen da Abadia. Tendo descodificado as linhas do pergaminho do tradutor, Guilherme exige que Jorge entregue o livro que os mortos estavam lendo: o segundo livro de Poética de Aristóteles sobre Comédia. Jorge odeia o riso, pensando que mina a fé em Deus, e um livro sobre o riso escrito por Arisotle só trará risos para os sábios, e minará a fé entre os que aprendem. Para evitar isso, Jorge matou aqueles que tinham lido o livro envenenando suas páginas. Jorge dá o livro A William, pensando que ele também sofrerá o veneno. Quando William revela que ele está usando luvas, Jorge pega o livro, em seguida, começa um incêndio que rapidamente envolve a biblioteca. William fica para trás, tentando salvar alguns dos livros e encorajando Adso a sair. O Jorge mata-se consumindo as páginas revestidas de veneno.vendo o incêndio, os monges abandonam os prisioneiros, permitindo que os camponeses locais salvem a menina, embora Salvatore e Remigio morram. Adso persegue Gui, que consegue escapar dele, mas os camponeses empurram sua carroça de um penhasco, empalando-o. Enquanto William e Adso partem, Adso Encontra a garota, para por alguns segundos, mas eventualmente escolhe ir com William. O muito mais velho Adso afirma que ele nunca se arrependeu de sua decisão, pois aprendeu muitas mais coisas com Guilherme antes de seus caminhos se separarem. Ele também diz que a menina foi o único amor terreno de sua vida, mas ele nunca aprendeu o nome dela.