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Picornavírus, o vírus respiratório mais comum causando infecção entre pacientes de todas as idades hospitalizados com doença respiratória aguda | Company Pride

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infecções do tracto respiratório inferior são a principal causa de hospitalização relacionada com doenças infecciosas nos Estados Unidos (13). Determinamos previamente a frequência de infecções virais específicas associadas a condições agudas do trato respiratório que levam a hospitalizações (5). Os doentes inscritos no estudo foram admitidos num hospital público ou privado e as infecções por vírus respiratórios foram identificadas por cultura celular e estudos serológicos. Uma vez que o número de infecções por vírus respiratórios associadas a doenças respiratórias pode ser aumentado através da aplicação de testes de transcrição reversa-PCR (RT-PCR) (3, 6), aplicamos estes testes a espécimes colhidos e reservados para este efeito durante um período de 2 anos para determinar se outras infecções por vírus respiratórios poderiam ser identificadas neste coorte.os detalhes do estudo clínico foram descritos anteriormente (5). Brevemente, participantes do estudo foram pessoas de todas as idades que foram hospitalizadas no Ben Taub General Hospital OU St.Luke’s Episcopal Hospital em Houston, TX, com uma condição respiratória aguda (pneumonia, traqueobronquite, bronquiolite, crupe, exacerbações de asma ou doença pulmonar obstrutiva crônica , ou insuficiência cardíaca congestiva). Foram colhidas amostras respiratórias (esfregaço nasal ou de garganta) e séricas num período médio de 1 dia de hospitalização. Este estudo foi realizado sobre os participantes inscritos de 1 de setembro de 1993 até ao final do estudo em maio de 1995. A amostra respiratória foi misturada com caldo para perfusão de vitela como estabilizador na altura da colheita, transportada para o laboratório em gelo húmido e inoculada em cultura celular. A amostra restante foi aliquotada e congelada a <-70°C até ser testada utilizando ensaios moleculares (descritos abaixo). Em geral, as amostras foram submetidas a um ou dois degelos para gerar cDNA para testes iniciais. Uma amostra de soro de fase convalescente foi obtida 14 a 42 dias depois. Todos os sujeitos deram consentimento informado ao abrigo de um protocolo aprovado pelo Conselho Institucional de revisão do Baylor College of Medicine.os métodos utilizados para a cultura celular e a serologia foram descritos anteriormente (5). Os ensaios de cultura de células foram testados para os vírus da gripe de tipo A e B, vírus de parainfluenza (PIV) dos tipos 1 a 3, vírus sincicial respiratório (RSV), rinovírus, enterovírus, herpesvírus e adenovírus. Testes serológicos foram realizados como descrito anteriormente (5) em amostras de soro emparelhadas para vírus influenza A e B, tipos PIV 1 a 3, RSV, e Coronavirus 229E e OC43.os ensaios RT-PCR foram realizados utilizando ensaios RT-PCR em tempo real previamente descritos para os vírus influenza A E B e coronavírus OC43 e 229E (3). Os tipos PIV 1 a 3 (PIV1, PIV2 e PIV3, respectivamente), RSV, metapneumovírus humano (HMPV), e infecções por picornavírus foram identificados utilizando testes de RT-PCR previamente descritos, seguidos de hibridização blot meridional (3). As amostras positivas ao picornavírus foram ainda classificadas utilizando testes de RT-PCR em tempo real específicos ao rinovírus e ao enterovírus, quando permaneceu uma amostra suficiente para estes testes (8, 11).um total de 403 doenças distintas ocorreram durante o período de estudo de 2 anos em 364 pessoas. Setenta e seis vírus respiratórios (excluindo o vírus herpes simplex e o citomegalovírus ) foram isolados a partir de 75 amostras de doenças recolhidas durante o período de estudo. Estes incluíram 26 picornavírus, 21 RSV, 19 vírus influenza, 4 adenovírus, e 2 cada um dos PIV1, PIV2, e PIV3 (Tabela 1). Trinta doenças (de 136 soros emparelhados testados) também tiveram 33 infecções identificadas por serologia, 11 das quais foram identificadas por cultura (6 influenza A Subtipo H3N2 , 4 RSV e 1 influenza B). Infecções adicionais identificados por sorologia, mas não pela cultura incluiu sete A/H3N2, três de cada um dos RSV, PIV2, PIV3, e OC43, e um de cada UM/H1N1, PIV1, e 229E.

Tabela 1

Infecções identificadas pela cultura ou RT-PCR, em uma coorte de 403 doenças avaliadas entre setembro de 1993 e junho de 1995

Vírusum no Total. de infecções No. de infecções que foram:
PCR positivo PCR negativo ou NDb
Cultura positiva Cultura negativa Cultura positiva
Picornavírus
Enterovirus 5 3 2 0
Rinovírus 49 14 29 6
não classificados 54 0 51 3
Paramyxoviruses
PIV1 3 2 1 0
PIV2 2 0 0 2
PIV3 6 2 4 0
RSV 36 16 15 5
HMPV 12 12 0
Orthomyxoviruses
Influenza A 21 8 5 8
Influenza B 3 1 0 2
Coronavírus
OC43 5 5 0
229E 2 0 2 0
Adenovírus* 4 4
Herpesviruses
HSV* 13 13
CMV* 3 3
aPIV, parainfluenza vírus; RSV, vírus sincicial respiratório; HMPV, metapneumovirus humano; o vírus do herpes, o vírus do herpes simples; CMV, citomegalovírus. * , PCR não feito. Os sistemas de cultura não estavam disponíveis para OC43 ou HMPV na altura do estudo original. As amostras positivas para HMPV por RT-PCR foram subsequentemente testadas por cultura celular e 1 foi positiva.
bND, PCR não concluído.amostras respiratórias de 386 doenças (95.8%) estavam disponíveis para testes moleculares. Cento e setenta e duas amostras (44,6%) foram positivas para pelo menos um dos vírus analisados (Quadro 1), sendo um picornavírus (n = 99) a infecção mais comum identificada. Todos os vírus para os quais foram realizados ensaios RT-PCR foram detectados excepto PIV2; nenhuma infecção PIV2 foi identificada pela RT-PCR, enquanto duas infecções foram encontradas utilizando cultura celular. Globalmente, 200 (49, 6%) das 403 doenças estiveram associadas a pelo menos uma infecção viral. Foi identificada mais de uma infecção viral em 33 doenças (31 com duas infecções e 2 com três infecções). Vinte e duas das múltiplas infecções incluíram um picornavírus, com um picornavírus e RSV sendo a combinação mais comum (n = 10); dupla infecção com RSV e vírus influenza A foi detectada em 3 doenças. Foi identificado um outro vírus respiratório nas três doenças das quais a CMV foi isolada e em 6 das 11 doenças das quais o HSV foi isolado.foi identificada uma infecção viral em 77, 6% das crianças com menos de 5 anos de idade (Tabela 2). As crianças mais velhas tinham uma infecção identificada em mais de 50% das suas doenças, e os adultos tinham uma infecção identificada em aproximadamente um terço das suas doenças. Foram identificadas mais frequentemente infecções múltiplas em crianças com menos de 1 ano de idade.

Tabela 2

a Distribuição de doenças respiratórias, infecções de vírus, por grupo etário (resultados combinados de cultura, PCR e sorologia)

Vírusum Não. de infecções em cada grupo de idade (anos) (n)
<1 (55) 1-4 (57) 5-17 (50) 18-44 (65) 45-64 (114) ≥65 (62) Todas as idades (403)
Picornavírus
Enterovirus 3 0 2 0 0 0 5
Rinovírus 15 6 8 8 9 3 49
não classificados 13 11 17 6 5 2 54
Paramyxoviruses
PIV1 0 3 0 0 0 0 3
PIV2 2 3 0 0 0 0 5
PIV3 3 3 0 0 2 1 9
RSV 15 14 5 1 2 2 39
HMPV 2 4 0 2 2 2 12
Orthomyxoviruses
Influenza A 0 4 2 6 11 3 26
Influenza B 0 2 0 0 0 1 3
Coronavírus
OC43 0 0 0 1 6 0 7
229E 0 0 0 0 1 2 3
Adenovírus 1 1 0 1 1 0 4
Herpesviruses
HSV 0 0 1 2 6 4 13
CMV 2 0 0 1 0 0 3
Qualquer virusb 43 44 31 24 42 16 200
Vários vírus 11 7 4 4 3 4 33
aPIV, parainfluenza vírus; RSV, vírus sincicial respiratório; HMPV, metapneumovírus humano; HSV, vírus herpes simplex; CMV, citomegalovírus.
besta categoria corresponde a pessoas com pelo menos um vírus.

A aplicação de métodos moleculares para o diagnóstico de infecção viral respiratória aumentou a frequência com que respiratória infecção de vírus é identificado em pacientes com exacerbações de asma (1, 6), doença pulmonar obstrutiva crônica (3, 12), e bronquiolite obliterante (4, 10) e em amostras submetidas para geral respiratórias estudos de diagnóstico (2, 9). Anteriormente realizamos um estudo epidemiológico examinando o impacto da infecção pelo vírus respiratório em uma coorte comunitária usando métodos de diagnóstico virais tradicionais (cultura e serologia). Aplicação de RT-PCR ensaios de amostras colhidas no estudo aumentou o número de infecções virais identificados por aproximadamente 2 vezes devido a maior sensibilidade do ensaio para alguns vírus (por exemplo, picornavírus) comparada com a de uma cultura de células e devido a capacidade de identificar outros vírus que são mal ou não cultiváveis (por exemplo, HMPV e coronavírus).a família de vírus com maior frequência de detecção foi picornavírus (espécies enterovírus e rinovírus), sendo identificada em aproximadamente 25% dos episódios de doença. Uma vez que os primers específicos do rinovírus e do enterovírus utilizados não foram validados contra todas as espécies de rinovírus e enterovírus, é possível que tenham sido omitidas outras infecções por picornavírus não detectadas. O aumento da identificação de infecções por picornavírus utilizando ensaios moleculares está de acordo com os resultados de outros estudos realizados em crianças com menos de 5 anos de idade e doentes com asma, DPOC e bronquiolite.(1, 6, 7, 10, 12).em resumo, a utilização de ensaios de diagnóstico molecular aumentou a frequência de identificação de uma infecção viral respiratória em pessoas admitidas em hospitais de cuidados agudos com problemas respiratórios agudos. Nesta coorte, mais de 75% das doenças respiratórias em crianças com menos de 5 anos de idade foram associadas à detecção de um vírus respiratório, em comparação com 25 a 37% das doenças em adultos. A prevalência de infecções virais respiratórias pode ter sido ainda maior, uma vez que não testamos para nl63 ou hku1 coronavírus ou PIV Tipo 4. As infecções por picornavírus (principalmente rinovírus) foram as infecções mais comuns identificadas em doentes de todas as idades, seguidas das causadas por RSV e vírus da gripe. A utilização de análises moleculares aumenta a frequência de identificação de uma infecção viral respiratória em comparação com a dos métodos clássicos de diagnóstico viral da cultura celular e da serologia.