O New Orleans Saints selecionado Ninkovich na quinta rodada (135º no geral) do Draft de 2006.em 18 de julho de 2006, o New Orleans Saintsedit assinou com Ninkovich um contrato de três anos, de US $1,22 milhões.durante todo o campo de treinamento, Ninkovich competiu contra Charles Grant, Willie Whitehead, e Eric Moore para o trabalho como o fim defensivo inicial.

em 21 de agosto de 2006, o New Orleans Saints perdeu, 30-7, para o Dallas Cowboys em seu segundo jogo de pré-temporada. Durante o jogo, Ninkovich gravou dois sacks e dois fumbles forçados, mas também foi marcado para uma penalidade de rugosidade desnecessária que levou a um touchdown do Cowboys. Ele terminou a pré-temporada com três sacos. O treinador Sean Payton nomeou Ninkovich o fim defensivo de apoio para Will Smith e Charles Grant para começar a temporada regular.ele fez sua estréia profissional na temporada regular durante o início da temporada do Saints no Cleveland Browns e gravou três tackles combinados durante sua vitória por 19-14. Em 25 de setembro de 2006, Ninkovich sofreu um rasgão MC ligamento em seu joelho enquanto aparecia em equipes Especiais durante a vitória do Saints por 23-3 sobre o Atlanta Falcons na segunda-feira à noite. Em 29 de setembro de 2006, os Saints colocaram Ninkovich na reserva lesionada após a cirurgia para reparar o ligamento rasgado. Ninkovich terminou sua temporada de estreante com quatro tackles combinados (dois solo) e um desvio de passe em três jogos.Ninkovich viu forte concorrência durante todo o campo de treinamento, competindo com Josh Cooper, Anton Palepoi, Jonathan Hamm, e Willie Evans.durante uma prática da tarde em 30 de julho de 2007, Ninkovich foi retirado do campo com uma lesão no joelho. Em 6 de setembro de 2007, ele foi dispensado pelo New Orleans Saints como parte de seus cortes finais.

Miami DolphinsEdit

em 7 de setembro de 2007, os Miami Dolphins reivindicaram Ninkovich fora das renúncias. O treinador Cam Cameron nomeou-o o apoio defensivo para Jason Taylor e Matt Roth.em 16 de setembro de 2007, Ninkovich fez sua estréia no Miami Dolphins durante sua derrota por 37-20 para o Dallas Cowboys. Ele estava inativo por quatro jogos (semanas 4-7) e passou a jogar com moderação durante toda a temporada. Ele ficou inativo por mais sete jogos em 2007 (semanas 10-13 e 14-17). Ele terminou a temporada de 2007 com dois tackles combinados em quatro jogos.

2008Edit

head coach Cam Cameron was fired after a 1-15 season in 2007. O Miami Dolphins contratou Tony Sparano como seu novo treinador e coordenador defensivo Paul Pasqualoni optou por mudar a defesa base dos Dolphins de uma defesa 4-3 para um 3-4. Ninkovich mudou-se para fora linebacker devido à mudança. Durante todo o treinamento, ele competiu contra Charlie Anderson, Kelly Poppinga, Quentin Moses, Titus Brown, e Keith Saunders para o papel de backup fora do linebacker.ele empatou o Dolphins defensive end Randy Starks com dois sacks na pré-temporada de 2008. Em 31 de agosto de 2008, os Dolphins lançaram Ninkovich. Em 3 de setembro de 2008, ele assinou contrato com o Dolphins’ practice squad depois de liberar isenções.em 15 de novembro de 2008, Ninkovich foi promovido ao elenco ativo. Ele jogou contra o Oakland Raiders em um papel de reserva em 16 de novembro, mas não gravou nenhum tackles.em 20 de novembro de 2008, ele foi liberado para criar espaço para o linebacker Erik Walden. Ninkovich foi re-assinado para a equipe de treinos no dia seguinte. Ele terminou a temporada de 2008 sem qualquer tackles e apareceu em apenas um jogo.em 3 de dezembro de 2008, o New Orleans Saintsedit assinou com Ninkovich fora da equipe dos Dolphins. Ele foi lançado em 30 de julho de 2009 depois que os Saints assinaram com long snapper Jason Kyle. Ninkovich já havia sido considerado como uma longa opção para os santos na época.

New England PatriotsEdit

2009Edit

On August 2, 2009, The New England Patriots signed Ninkovich to a one-year, $535,000 contract.ele fez o 53-man roster dos Patriots e gravou seu primeiro saco da NFL na semana 5 contra o Denver Broncos. Ele recebeu uma extensão do contrato até a temporada de 2011 em 6 de novembro de 2009. No geral, ele jogou em 15 jogos pelo Patriots em 2009, terminando com 23 tackles e um sack.

2010Edit

Ninkovich começou a temporada de 2010 como titular fora do linebacker. No jogo da semana 4 contra o Miami Dolphins na segunda-feira à noite, Ninkovich gravou sua primeira interceptação de carreira, e mais tarde no jogo adicionou outra interceptação e um saco. Ele terminou a temporada com 62 tackles, quatro sacks e duas interceptações em 16 jogos jogados (10 partidas).durante a temporada de 2011 da NFL, Ninkovich gravou seu primeiro “touchdown” da NFL quando interceptou um passe do quarterback Mark Sanchez do New York Jets e retornou 12 jardas para o “touchdown”. Ele também teve outra interceptação mais cedo no mesmo jogo, quando ele pegou um passe com a ponta de Jerod Mayo. Ninkovich teve a melhor temporada estatística de sua carreira, gravando 74 tackles, 6.5 sacks, 2 interceptações (1 retornado para um touchdown), 1 bola forçada, e 3 se recuperou fumbles enquanto iniciava todos os 16 Jogos da temporada regular. Durante o playoff 2011-2012 dos Patriots, Ninkovich gravou 5 tackles, 1,5 sacks, 1 placar para uma derrota, e 2 rebatidas de quarterback contra os Broncos durante o jogo de Playoff de divisão. Ninkovich também gravou sete tackles contra os Ravens durante a segunda rodada do Campeonato. Em 5 de fevereiro de 2012, Ninkovich jogou no Super Bowl XLVI contra o New York Giants no Lucas Oil Stadium em Indianapolis, Indiana, mas os Patriots perderam o Super Bowl para os Giants, 21-17. Ninkovich gravou 4 tackles (3 solo), 0,5 sacks e 2 hits de quarterback no jogo.

2012Edit

durante a temporada de 2012, Ninkovich se mudou para o defensive end; seu substituto no outside linebacker foi o novato Patriots Dont’a Hightower. Ninkovich, começando com o novato Chandler Jones, liderou a equipe com 8 sacks e 58 tackles. Ele também forçou 5 fumbles, incluindo 2 em um jogo contra o Denver Broncos e um jogo de fim de horas extras Sack contra os Jets. Em 2012, ele começou todos os jogos, e teve 8 sacks, 1 passe defendido, 5 fumbles forçados e 4 recuperações de bola em 58 tackles.

2013Edit

na semana 3 da temporada de 2013, Ninkovich assinou uma extensão de contrato de três anos, que durou até 2016, que incluiu US $8,5 milhões em bônus e dinheiro garantido e totalizou US $15 milhões ao longo de seu curso. Em 2013, ele começou todos os jogos, gravando 8 sacks, 2 fumbles forçados, e 2 recuperações de bola no total de 91 tackles.

2014Edit

Ninkovich estabeleceu uma carreira de um único jogo Alto com três sacks no jogo da Semana 6 do Patriots contra o Buffalo Bills. Na semana 8, Ninkovich recuperou uma bola de Jay Cutler para seu segundo touchdown na carreira. Ninkovich liderou os patriotas com oito sacos, seu terceiro ano consecutivo com oito sacos. Na vitória dos Patriots por 28-24 sobre o Seattle Seahawks no Super Bowl XLIX, Ninkovich demitiu Russell Wilson uma vez e gravou seis tackles.Ninkovich começou todos os 16 jogos para os Patriots na temporada de 2015, registrando 52 tackles e 6.5 sacks.Ninkovich rasgou seus tríceps no campo de treinamento e era esperado que perdesse algumas semanas. Em 2 de setembro de 2016, Ninkovich foi suspenso por quatro jogos após testes positivos para uma substância proibida.em 5 de setembro de 2016, os Patriots assinaram com Ninkovich uma extensão de contrato de um ano até a temporada de 2017.em 5 de fevereiro de 2017, Ninkovich fez parte da equipe do Patriots que venceu o Super Bowl LI. No jogo, ele teve dois tackles assistidos como os Patriots derrotaram o Atlanta Falcons por uma pontuação de 34-28 no prolongamento. Em uma entrevista pós-jogo com a WBZ Sports, Ninkovich afirmou que os Patriots “quebraram” no vestiário no intervalo, resolvendo depois jogar “um inferno de uma metade de 30 minutos”.”Os Patriots seguiram por 28-3 no terceiro trimestre, mas se reuniram todo o caminho de volta para ganhar o jogo 34-28 contra o Atlanta Falcons. O jogo foi o primeiro a fazer horas extras, e os Patriots fizeram o maior retorno na história do Super Bowl.em 30 de julho de 2017, Ninkovich anunciou sua aposentadoria da NFL após onze temporadas, incluindo oito com os Patriots.em julho de 2019, a ESPN anunciou que Ninkovich se juntaria à rede como analista da NFL.