Lott was selected in the first round (8th overall) of the 1981 NFL Draft by the San Francisco 49ers. O nível de habilidade demonstrado pelo destaque de 1,80 m, 203 kg foi instantaneamente reconhecido, e desde o início do campo de treinamento ele teve o trabalho como o canto esquerdo inicial dos 49ers. Em sua temporada de estreante em 1981, ele gravou sete interceptações, ajudou os 49ers a vencer o Super Bowl XVI, e também se tornou apenas o segundo novato na história da NFL a retornar três interceptações para touchdowns. Seu melhor jogo resultou em seu último lugar no rookie of the year honors, atrás do linebacker Lawrence Taylor do New York Giants.Lott mudou para a posição de segurança em 1985. Ele teve a ponta de seu dedo mindinho esquerdo amputado após a temporada de 1985, quando foi esmagado ao enfrentar o running back Timmy Newsome, e uma cirurgia de enxerto ósseo não teria permitido que ele começasse a temporada de 1986. Uma lesão o afastou para os dois últimos jogos da temporada em 1986, mas ele ainda liderou a liga com uma melhor carreira de 10 interceptações, enquanto gravava 77 tackles, três fumbles forçados e dois quarterback sacks. Em seus 10 anos com os 49ers, Lott os ajudou a ganhar oito títulos da divisão e quatro Super Bowls: XVI (temporada de 1981), XIX (1984), XXIII (1988) e XXIV (1989). Ele é um dos cinco jogadores que estavam em todas as quatro vitórias do 49ers Super Bowl de 1980. Os outros quatro são o quarterback Joe Montana, o linebacker Keena Turner, o cornerback Eric Wright e o wide receiver Mike Wilson.após sua carreira no San Francisco, Lott assinou como agente livre em 1991 com o Los Angeles Raiders, e em 1993 com o New York Jets. Em 1991, ele liderou a liga em interceptações (8) pela segunda vez. Lott assinou um contrato com o Kansas City Chiefs em 1995, mas foi ferido na pré-temporada. Ele retornou aos 49ers em 1995, mas as lesões que sofreu nas quatro temporadas anteriores continuaram a atormentá-lo, e ele anunciou sua aposentadoria antes da temporada começar. Ele foi eleito para o Pro Football Hall of Fame em 2000, seu primeiro ano de elegibilidade, e também foi nomeado para o time de 75 anos da NFL em 1994 e o time de 100 anos em 2019.em suas 14 temporadas na NFL, Lott gravou 8.5 sacks e 63 interceptações, que ele retornou para 730 jardas e cinco touchdowns. Ele recuperou 17 fumbles, devolveu-os para 43 jardas, e ganhou 113 jardas no kickoff retornos. Lott também jogou em 20 jogos de pós-temporada, gravando nove interceptações, 89 tackles, uma bola forçada, uma recuperação de bola e dois touchdowns. Além disso, ele foi nomeado All-Pro oito vezes, All-NFC seis vezes, e All-AFC uma vez. Além das estatísticas, Lott tinha uma estranha consciência de como uma peça estava se desenvolvendo, o que lhe permitiu quebrar passes e ganhar uma reputação como um dos mais difíceis e eficientes tacklers de campo aberto na história da liga.