em 1999, Gabriel Logan e seu parceiro Lian Xing investigam uma série de surtos biológicos desencadeados pelo terrorista internacional Erich Rhoemer. Quando o agente Ellis perde contato durante uma missão na Costa Rica, a agência ultra-secreta envia Gabe e Lian para encontrá-lo. Eles descobrem que Ellis está morto, e a operação suspeita de Rhoemer é um disfarce para a operação viral. Outro surto no Nepal leva a mais perguntas quando uma pessoa infectada que deveria ter morrido de alguma forma sobreviveu.antes que a Agência possa perseguir Rhoemer, ele ataca Washington, D. C. e ameaça detonar bombas virais espalhadas pela cidade. Gabe batalhas vários terroristas, incluindo Mara Aramov, como ele segue a trilha de bombas em toda a cidade, ruas, metrôs, Washington Park e, finalmente, Memorial da Liberdade, onde ele deve queimar especialista em munições Anton Girdeux para parar a ameaça final. A investigação de Gabe leva-o a uma nova pista de PharCom, uma multinacional farmacêutica e Biotecnologia corporation liderada por Jonathan Phagan. A plantação Costa-riquenha estava crescendo compostos de PharCom, o que significa que Phagan e Rhoemer estavam cooperando. No PharCom Exposition Centre, Gabe shadows Phagan para uma reunião com Aramov e Edward Benton, uma aparente agência turncoat que ajudou Rhoemer durante o ataque de Washington D. C..depois de Gabe eliminar Benton, ele salva Phagan do assassinato apenas para que ele escape. Mara Aramov, agora sob custódia, tinha tentado localizar os laboratórios de vírus de PharCom. Gabe deve deixar de lado a caça de Phagan para destruir a base de Rhoemer no Cazaquistão. Durante sua missão, Rhoemer aparentemente mata Lian, mas o diretor da Agência Thomas Markinson resgata Gabe. Markinson dá a Gabe um relatório sobre o vírus chamado Syphon Filter, uma arma biológica que se pode programar em um nível genético para atingir grupos específicos de pessoas. Markinson ordena a Gabe para se infiltrar na fortaleza de Rhoemer na Ucrânia para injetar uma vacina aos sujeitos de teste e localizar Phagan, que agora é prisioneiro de Rhoemer. Nas catacumbas, Phagan diz a Gabe que Lian está vivo, e eles se reúnem. Lian ficou infectada com filtro de sifão, e ela diz que não há cura universal.Mara Aramov chega para atirar em Phagan, mas ela convence Gabe e Lian que ela veio para ajudar. Os três viajam para os armazéns de PharCom na esperança de impedir Rhoemer de lançar um míssil. Lian revela que o soro que Gabe injectou nos sujeitos de teste era realmente um químico letal, e Markinson estava mandando matá-los. Usando a luta entre os terroristas de Rhoemer e o pessoal de segurança de Phagan para cobrir sua inserção, Gabe desce em um silo e procura os códigos de detonação do míssil.

he finds Markinson, who admits that the Agency was in fact in cahoots with Black Baton all along. Rhoemer trabalhou para Markinson, uma vez que este último queria o vírus na posse da Agência. Ele nunca permitiu o ataque do míssil, mas antes que ele possa pará-lo, Rhoemer mata Markinson com um tiro na cabeça. Gabe deve chegar ao centro de controle do míssil a tempo e destruí-lo. Enfurecido, Rhoemer envolve Gabe em uma luta final, mas é morto com uma granada de gás.sua missão foi concluída, Gabe e Lian convocaram o comando de Defesa Química e biológica do Exército dos Estados Unidos (CBDC) para proteger a área. Eles não sabem até onde Markinson estava cooperando com Rhoemer e Phagan, mas Gabe acredita que eles podem nunca saber. Em uma cena pós-créditos, Aramov se aproxima de um homem misterioso dentro da sede da Agência e sussurra algo em seu ouvido. Ele felicita-a enquanto a câmara puxa para trás para mostrar caixas de PharCom no escritório.