In 1868, the medieval city of Edo, seat of the Tokugawa government, was renamed Tokyo, and the offices of Tokyo Prefecture (-fu) were opened. A extensão da Prefeitura de Tóquio foi inicialmente limitada à antiga cidade de Edo, mas rapidamente aumentada para ser comparável com a atual metrópole de Tóquio. Em 1878, o governo Meiji reorganização dos governos locais subdivididos prefeituras em municípios ou distritos (arma, ainda subdividir-se em vilas e aldeias, posteriormente reorganizada semelhante a Prússia distritos e distritos ou alas (ku), que tinham em comum prefeituras de cidades como um todo, por exemplo, hoje Cidade de Hiroshima (shi) foi, em seguida, Hiroshima-ku; as três maiores cidades de Tóquio, Osaka e Quioto, foram cada qual subdividido em várias alas. Na Prefeitura de Tóquio, isso criou 15 alas (listadas abaixo) e seis condados/distritos.em 1888, o governo central criou o quadro legal para o atual sistema de cidades (shi) que concedeu alguns direitos básicos de autonomia local – com algumas semelhanças com o sistema de autogoverno local da Prússia, como o conselheiro do governo Meiji Albert Mosse influenciou fortemente a organização do governo local. Mas sob um regulamento imperial especial, a cidade de Tóquio, como a cidade de Kyoto e a cidade de Osaka, inicialmente não manteve um prefeito separado; em vez disso, o (nomeado) governador da Prefeitura de Tóquio serviu como prefeito da cidade de Tóquio. A Assembleia da cidade de Tóquio (Tokyo-shikai) foi eleita pela primeira vez em maio de 1889. Cada ala também manteve a sua própria assembleia. A cidade e o governo da província foram separados em 1898., e o governo começou a nomear um prefeito separado da cidade de Tóquio em 1898, mas manteve a legislação de nível ward, que continua até hoje no sistema de ala especial. A partir de 1926, o prefeito foi eleito pelo Conselho da cidade eleito/Assembleia a partir de suas próprias fileiras. A Prefeitura de Tóquio estava localizada no distrito de Yūrakuchō, em um local agora ocupado pelo Fórum Internacional de Tóquio.Tóquio tornou-se a segunda maior cidade do mundo (4,9 milhões de habitantes) ao absorver vários distritos periféricos em julho de 1932, dando à cidade um total de 35 alas.em 1943, a cidade foi abolida e fundida com a Prefeitura de Tóquio para formar o Governo Metropolitano de Tóquio, que era funcionalmente uma parte do governo central do Japão: o governador de Tóquio tornou-se um ministro do gabinete que reportava diretamente ao Primeiro-Ministro. Este sistema permaneceu em vigor até 1947, quando a estrutura atual do Governo Metropolitano de Tóquio foi formada.