Zanamivir foi feito pela primeira vez em 1989 por cientistas liderados por Peter Colman e Joseph Varghese no CSIRO Australiano, em colaboração com o Colégio Vitoriano de farmácia, e a Universidade Monash. Zanamivir foi o primeiro dos inibidores da neuraminidase. A descoberta foi inicialmente financiada pela empresa de biotecnologia Australiana Biota e foi parte do programa em curso da Biota para desenvolver agentes antivirais através do design de medicamentos racionais. Sua estratégia dependia da disponibilidade da estrutura da neuraminidase influenza por cristalografia de raio-X. Era também conhecido, já em 1974, que o ácido 2-desoxi-2,3-didehidro-n-acetilneuraminico (DANA), um análogo do ácido siálico, é um inibidor da neuraminidase.técnicas de química computacional foram usadas para sondar o local ativo da enzima, em uma tentativa de projetar derivados de DANA que se ligariam firmemente aos resíduos de aminoácidos do local catalítico, então seriam inibidores potentes e específicos da enzima. O software de grade por Descoberta Molecular foi usado para determinar interações energeticamente favoráveis entre vários grupos funcionais e resíduos no canyon catalítico. Esta investigação mostrou que uma zona negativamente carregada ocorre no local ativo da neuraminidase que se alinha com o Grupo C4 hidroxila de DANA. This hydroxyl is, therefore, replaced with a positively charged amino group; the 4-amino DANA was shown to be 100 times better as an inhibitor than DANA, due to the formation of a salt bridge with a conserved glutamic acid (119) in the active site. Glu 119 também foi notado por estar na parte inferior de um bolso conservado no local ativo que é apenas grande o suficiente para acomodar o maior, mas mais básico grupo funcional guanidina. O resultado foi o Zanamivir, um inibidor análogo da neuraminidase no estado de transição.dado que a Biota era uma pequena empresa, não dispunha de recursos para colocar o zanamivir no mercado por si só. Em 1990, os direitos de patente do zanamivir foram licenciados à Glaxo, actualmente GlaxoSmithKline (GSK). O Acordo de licença intitulado Biota to receive a 7% royalty on Glaxo’s sales of zanamivir.

Em 1999, o produto foi aprovado para comercialização NOS eua e na Europa para tratamento da influenza A e B. O comitê consultivo da FDA tinha recomendado pelo voto 13 para 4 que ele não deve ser aprovado, porque ele carecia de eficácia e foi mais eficaz do que o placebo quando os pacientes estavam em outras drogas, tais como o paracetamol. Mas a liderança da FDA rejeitou o Comité e criticou o seu crítico, o bioestatístico Michael Elashoff. A revisão do oseltamivir, que também estava em processo de aprovação na época, foi retirada dele, e transferida para outra pessoa. Em 2006, o zanamivir foi aprovado nos EUA e na Europa para a prevenção da gripe A e B.

embora o zanamivir tenha sido o primeiro inibidor da neuraminidase a ser comercializado, teve apenas alguns meses de avanço sobre o segundo operador, Oseltamivir (Tamiflu), com uma formulação em cápsula oral.quando comercializado pela primeira vez nos EUA em 1999/2000, zanamivir capturou apenas 25% do mercado antiviral influenza, apesar de uma enorme campanha promocional. No final da temporada, Tamiflu estava a vender mais do que o zanamivir 3:1. Durante essa temporada, zanamivir apresentou advertências de segurança a nível mundial envolvendo o risco de broncospasmo e morte. A Glaxo reduziu então a comercialização do zanamivir e o domínio do Tamiflu aumentou. Mais de US $ 20 milhões de zanamivir vendido pela Glaxo na primeira temporada nos EUA foram devolvidos à empresa nas duas temporadas seguintes, porque suas vendas aos pacientes foram muito menos do que o esperado.Biota intentou uma acção judicial em 2004, alegando que a comercialização reduzida do zanamivir pela Glaxo constituía uma violação do contrato. Biota reclamou cerca de 700 milhões de dólares da Glaxo. Depois que Biota passou quatro anos tentando avançar seu caso, e incorrer em US$50 milhões em custos legais, a empresa abandonou a reivindicação em julho de 2008, recuperando apenas US$20 milhões, incluindo custos legais após o Acordo na mediação. A Biota tinha recusado uma oferta táctica anterior da Glaxo de 75 milhões de dólares mais custos legais.

Em agosto de 2006, a Alemanha anunciou que iria comprar 1,7 milhões de doses de zanamivir, como parte de sua estratégia de preparação contra a gripe das aves. “A compra da Alemanha mostra que os países estão começando a ter uma visão equilibrada da preparação para a gripe”, disse Simon Tucker, chefe de pesquisa da Biota, sediada em Melbourne, onde zanamivir foi originalmente desenvolvido.em abril de 2009, foram notificados muitos casos de gripe suína (vírus do tipo H1N1) nos EUA e no México. Zanamivir é um dos dois únicos medicamentos prescritos para tratá-lo. Um estudo publicado em junho de 2009, enfatizou a necessidade urgente de aumento de oseltamivir estoques, com adicional de medicamentos antivirais, incluindo zanamivir, com base em uma avaliação do desempenho desses medicamentos no cenário que o de 2009 H1N1 da gripe suína a neuraminidase (NA) foram para adquirir o Tamiflu-resistência (His274Tyr) mutação, que é hoje generalizada, em 99,6% de todos os testados sazonal H1N1 cepas.

Em janeiro de 2011, a GSK anunciou que iniciaria ensaios de fase III para zanamivir intravenoso em um estudo que abrangerá 20 países nos hemisférios norte e Sul.