PROSIITTI on biologisesti merkittävien proteiinidomeenien ja-kuvioiden tietokanta, joka on laadittu siten, että sopivilla laskentatyökaluilla voidaan nopeasti ja luotettavasti tunnistaa, mitä domeeneja proteiinissa (jos on) on, ja antaa näin vihje siitä, mikä proteiinifunktio voisi olla.

Sovellukset

lähinnä hyödyllisiä uuden proteiinifunktion ymmärtämisessä. Psscan-työkalu auttaa suorittamaan PROSIITTIKUVIOIDEN haun uudessa järjestyksessä.

keskeiset ominaisuudet

• allekirjoitukset on liitetty merkintäasiakirjaan, joka sisältää allekirjoituksella havaitun valkuaisainealueen tiedot (i.e sen nimen alkuperä, taksonominen esiintyminen, toimialueen arkkitehtuuri, funktio, 3D-rakenne, sekvenssin pääpiirteet, toimialueen koko ja kirjallisuusviitteet)
• allekirjoitukset liittyvät vastaaviin Proruleihin , jotka sisältävät tietoa uuden proteiinin toimialueiden automatisoidusta merkinnästä standardoidussa muodossa, jota käytetään uniprotkb/Swiss-Prot-tietokannassa
• Proruleen tallennettuja tietoja voidaan käyttää Scanprosiitin kautta, joka tarjoaa lisäominaisuuksia, kuten aktiivisia sivustoja tai tiettyyn toimialueeseen liittyviä disulfidisidoksia

Lisätietoja

tärkeimmät edut

, koska verkkotunnukset ja niitä vastaavat kuviot, profiilit tai allekirjoitukset tarkistetaan käsin ja tarkistetaan huolellisesti verkkotunnuksen määrityksen tarkkuus on vertaansa vailla.

kirjallisuus

Sigrist CJA, de Castro E, Cerutti L, Cuche BA, Hulo n, Bridge a, Bougueleret L, Xenarios I. uusia ja jatkuvia kehitysvaiheita PROSITESSA. Nucleic Acids Res. 2012; Doi: 10.1093/Nar/gks1067 (PDF)
Sigrist CJA, Cerutti L, Hulo N, Gattiker a, Falquet L, Pagni M, Bairoch A, Bucher P. PROSITE: dokumentoitu tietokanta, jossa kuvioina käytetään kuvioita ja profiileja. Lyhyt Bioinformaatio. 3: 265-274 (2002) (PDF)

Licensing