PROSITE es una base de datos de dominios y patrones de proteínas biológicamente significativos formulados de tal manera que, con herramientas computacionales adecuadas, se puede usar de manera rápida y confiable para identificar qué dominios están presentes en una proteína (si la hay), por lo tanto, dar una idea de cuál podría ser la función de la proteína.

Aplicaciones

Principalmente útiles para entender lo que podría ser una nueva función proteica. La herramienta psscan ayudará a realizar la búsqueda de patrones de PRÓTESIS en una nueva secuencia.

Características clave

• Las firmas están vinculadas a un documento de anotación que contiene la información sobre el dominio de proteínas detectado por la firma (i.e el origen de su nombre, ocurrencia taxonómica, arquitectura de dominio, función, estructura 3D, características principales de la secuencia, tamaño de dominio y referencias bibliográficas)
• Las firmas están asociadas con ProRules correspondientes , que contienen información para la anotación automatizada de dominios de una nueva proteína en un formato estandarizado similar al utilizado por la base de datos UniProtKB/Swiss-Prot
• Se puede acceder a la información almacenada en ProRule a través de ScanProsite, que proporciona características adicionales como sitios activos o enlaces de disulfuro asociados a un dominio en particular

Más información

Principales ventajas

Debido a que los dominios y sus patrones, perfiles o firmas correspondientes se comprueban manualmente y se revisan cuidadosamente, la precisión de la asignación de dominios no tiene rival.

Literatura

Sigrist CJA, de Castro E, Cerutti L, Cuche BA, Hulo N, Bridge A, Bougueleret L, Xenarios I. Nuevos y continuos desarrollos en PROSITE. Nucleic Acids Res. 2012; doi: 10.1093 / nar / gks1067 (PDF)
Sigrist CJA, Cerutti L, Hulo N, Gattiker A, Falquet L, Pagni M, Bairoch A, Bucher P. PROSITE: una base de datos documentada que utiliza patrones y perfiles como descriptores de motivos. Breve Bioinform. 3: 265-274(2002) (PDF)

Licencias