PROSITE ER en database med biologisk signifikante proteindomener og mønstre formulert på en slik måte at det med passende beregningsverktøy kan brukes raskt og pålitelig for å identifisere hvilke domener som finnes i et protein (hvis noen), og dermed gi et snev av hva proteinfunksjonen kan være.

Applikasjoner

Hovedsakelig nyttig for å forstå hva en ny proteinfunksjon kan være. Psscan-verktøyet vil bidra til å utføre søket ETTER PROSITTMØNSTRE i en ny rekkefølge.

Nøkkelfunksjoner

• Signaturer er knyttet til et annotasjonsdokument som inneholder informasjonen om proteindomenet som oppdages av signaturen (i.3d-struktur, hovedkarakteristikker av sekvensen, domenestørrelse og litteraturreferanser)
• Signaturer er knyttet til tilsvarende Proruler, som inneholder informasjon for automatisert merknad av domener av et nytt protein i et standardisert format som ligner Det Som brukes av UniProtKB/Swiss-Prot-databasen
• Informasjon lagret I ProRule kan nås via ScanProsite, som gir tilleggsfunksjoner som aktive nettsteder eller disulfidbindinger knyttet til et bestemt domene

Mer informasjon

Hovedfordeler

fordi domenene Og deres tilhørende mønstre, profiler eller signaturer er sjekket manuelt, og nøye gjennomgått nøyaktigheten av domenetildelingen er uovertruffen.

Litteratur

Sigrist CJA, De Castro E, Cerutti L, Cuche BA, Hulo N, Bro A, Bougueleret L, Xenarios I. Nye og fortsatte utviklingen PÅ PROSITE. Nukleinsyrer Res. 2012; doi: 10.1093 / nar / gks1067 (PDF)
Sigrist CJA, Cerutti L, Hulo N, Gattiker A, Falquet L, Pagni M, Bairoch A, Bucher P. PROSITE: en dokumentert database med mønstre og profiler som motivbeskrivelser. Kort Bioinform. 3: 265-274 (2002) (PDF)

Lisensiering