PROSITE è un database di domini e pattern proteici biologicamente significativi formulati in modo tale che con strumenti computazionali appropriati possa essere utilizzato rapidamente e in modo affidabile per identificare quali domini sono presenti in una proteina (se presente), quindi dare un suggerimento su quale potrebbe essere la funzione proteica.

Applicazioni

Utili soprattutto per capire quale potrebbe essere una nuova funzione proteica. Lo strumento psscan aiuterà a eseguire la ricerca di modelli PROSITE in una nuova sequenza.

Caratteristiche principali

• Le firme sono collegate a un documento di annotazione contenente le informazioni sul dominio proteico rilevato dalla firma (i.e l’origine del suo nome, tassonomica occorrenza, l’architettura di dominio, la funzione, la struttura 3D, le caratteristiche principali della sequenza, la dimensione del dominio e bibliografia)
• le Firme sono associati con corrispondenti ProRules , che contengono informazioni per la automatizzati annotazione di domini di una nuova proteina in un formato standardizzato simile a quello usato da UniProtKB/Swiss-Prot database
• Informazioni memorizzate in ProRule è possibile accedere tramite ScanProsite, che fornisce funzionalità aggiuntive come i siti attivi o ponti disolfuro associato a un particolare dominio

Maggiori informazioni

Principali vantaggi

Poiché i domini e i loro modelli, profili o firme corrispondenti vengono controllati manualmente e attentamente esaminati, la precisione dell’assegnazione del dominio non ha rivali.

Letteratura

Sigrist CJA, de Castro E, Cerutti L, Cuche BA, Hulo N, Bridge A, Bougueleret L, Xenarios I. Nuovi e continui sviluppi a PROSITE. Acidi nucleici Res. 2012; doi: 10.1093/nar/gks1067 (PDF)
Sigrist CJA, Cerutti L, Hulo N, Gattiker A, Falquet L, Pagni M, Bairoch A, Bucher P. PROSITE: un database documentato che utilizza modelli e profili come descrittori di motivi. Breve Bioinform. 3:265-274(2002) (PDF)

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