Babyer med Nager syndrom bør sees av en craniofacial anomalies team umiddelbart etter fødselen, som de vil trolig ha mating og pusteproblemer som trenger umiddelbar oppmerksomhet og behandling. Barn kan trenge sondemating, og de må kanskje ha et trakeotomi-rør plassert for å hjelpe dem å puste.

hvis sondeernæring er nødvendig, bør munnen stimuleres med en brystvorte eller smokk til oral mating begynner. God munnhygiene og en lav-sukker diett er også viktig, som dental rengjøring og behandling kan ikke være mulig på grunn av begrenset åpning av kjeven.

hvis kjevebevegelser er svært begrenset og kjeven ikke kan åpnes, utføres en kirurgisk frigjøring av restriksjonene. I noen tilfeller vil kirurgen også forsøke å rekonstruere en temporomandibulær ledd. Operasjonen utføres vanligvis etter utbrudd av primære (baby) tenner, så en dental splint kan gjøres for å støtte kirurgisk utgivelse.

Senere behandling vil omfatte kirurgiske prosedyrer på underkjeven, samt tann-og ortodontiske inngrep. På grunn av øreavvik, krever de fleste barn høreapparater.