w 1885 roku, po upadku przedsiębiorstwa, 35-letni Reyes wstąpił do armii, aby walczyć w wojnie secesyjnej w 1885 roku, a dzięki swojej odwadze i umiejętnościom bojowym został awansowany na generała, wkrótce potem. W samym środku wojny prezydent Rafael Nuñez powierzył mu dowodzenie operacjami w celu odzyskania Panamy jako części terytorium Kolumbii; misję początkowo dowodził generał dywizji, Gral. Miguel Montoya, ale Reyes faktycznie dowodził. Z Buenaventury do Panamy wyruszyła operacja morska, w której Reyes musiał odzyskać Stary ponton z korozji, aby nadrobić brak okrętów w swojej flocie i móc przerzucić swoje wojska; wyczyn znany jako”przygoda pontonowa”. Gdy ekspedycja przybyła do Panamy, przywrócili władzę cywilną i wojskową, a kilka dni później cała obecność sił amerykańskich opuściła przesmyk. Po tym, jak Panamski rebeliant Azpurría poddał się przed nimi, Reyes przewodniczył mówionej Radzie wojennej, która doprowadziła do egzekucji Antoine 'a Petricelli’ ego z Haiti i Jamajczyka George ’ a Davisa „Cocobolo”, obaj odpowiedzialni za pożogę Colón w Panamie.

Pedro Prestán, również obwiniany za pożogę w Colón w Panamie, został powieszony 18 sierpnia, trzy miesiące po Radzie wojennej pod przewodnictwem Pedro Nel Ospiny; mimo to cała odpowiedzialność spadła na Reyesa. W międzyczasie prezydent Rafael Nuñez pracował nad utworzeniem firmy i scentralizowanej organizacji w państwie.

wraz z klęską radykalnych Liberałów i dojściem do władzy przez Partię Konserwatywną, która szukała nowej scentralizowanej konstytucji praw, Konstytucja z 1863 roku została zniesiona, a prezydent Rafael Nuñez doprowadził do Konstytucji z 1886 roku, która miała rządzić przez następne sto lat. 11 listopada 1885 roku, kiedy powstało Narodowe Zgromadzenie Konstytucyjne, Reyes uzyskał miejsce, jednak jego udział w Magna Carta był w jakiś sposób niefortunny, ze względu na fakt, że Miguel Antonio Caro sprzeciwiał się większości jego wniosków.

w 1887 r.rząd powierzył Reyesowi „poufne zadanie” w Europie: uzyskanie niektórych kredytów i pożyczek; zadanie, które jednak nie powiodło się, po powrocie Nuñez mianował go ministrem rozwoju. W 1888 powrócił do osobistej działalności i zakupił ranczo Andora w pobliżu Tocaima, gdzie rolnictwo zwróciło mu utracony wcześniej majątek. W 1890 został wybrany senatorem i kandydował na wiceprezydenta Kolumbii w 1892, ale przegrał w wyborach. Pięć lat później wziął udział w wojnie domowej w 1895 roku i jeszcze w tym samym roku został mianowany ministrem rządu przez prezydenta Miguela Antonio Caro, pomimo dawnej wrogości między nimi, która sięgała czasów Zgromadzenia Konstytucyjnego.

w 1896 roku, w czasach, gdy Reyes miał szanse być kandydatem na prezydenta, Caro postanowił wysłać go do Paryża jako ambasadora Kolumbii, co trzymało go z dala od wyścigu prezydenckiego w wyborach prezydenckich w 1898 roku, a także ingerowało w jego udział w wojnie tysiąca dni.

od 1902 Reyes mieszkał w Meksyku, organizując i przygotowując wszystko do wyborów prezydenckich w 1904.

w 1904 roku prezydent José Manuel Marroquín powierzył mu zadanie zebrania armii stu tysięcy ochotników do walki i odzyskania Panamy. W misji tej towarzyszyło mu trzech generałów: Pedro Nel Ospina, Lucas Caballero i Jorge Holguín.

ze względu na informacje wywiadowcze docierające do Bogoty dotyczące ruchu i aranżacji nowych amerykańskich pancerników na Pacyfiku i Karaibach, podejście Kolumbii odeszło od wojowniczej postawy na rzecz bardziej dyplomatycznego sposobu działania; fakt, że Mayflower, północnoamerykański okręt flagowy Atlantyku i inne dziesięć statków strzegły obu oceanów, aby przeszkodzić kolumbijskim żołnierzom w zejściu na ląd i obronie buntu na przesmyku, skłonił sprawy do dyplomacji i zapobiegł wojnie przeciwko USA.

kolumbijskim żołnierzom pozwolono zejść na ląd, dzięki sekretarzowi stanu Johnowi M. Hayowi, który upoważnił ich do postawienia stopy w Colón, ale nie pozwolono im być częścią Tymczasowej Rady rządowej, aby negocjować decentralizację przesmyku; stamtąd rozstali się. do Waszyngtonu.

w Waszyngtonie, dowiedziawszy się, że podpisano traktat Hay-Banu-Varilla z Panamą, Reyes rozwiązał Komisję dyplomatyczną i zrezygnował z wszelkich starań, aby zaangażować się w wojskową konfrontację ze Stanami Zjednoczonymi; z Waszyngtonu napisał:

22 grudnia. Należy unikać wszelkiego rodzaju konfrontacji zbrojnej z USA, nie okupować terytorium Panamy. Zbierzcie się w Panamie, 40 oparów wojennych. Nieuchronne ryzyko wojny, Medellin, Bogota … straszna sytuacja.

wojska Reyesa czekały na rozkazy generała, aby pomaszerować w Panamę.

Państwo Panama odłączyło się od Kolumbii 3 listopada 1903 roku, za rządów prezydenta José Manuela Marroquína. Wojska panamskie, wspomagane przez doradców wojskowych i żołnierzy ze Stanów Zjednoczonych Ameryki, ogłosiły niepodległość. Akcję tę poparł prezydent Theodore Roosevelt, który wyraził zainteresowanie budową kanału międzyoceanicznego w tym strategicznym regionie. Był traktat między Kolumbią a Stanami Zjednoczonymi Ameryki, Traktat Hay–Herrán, podpisany 12 stycznia 1903, na mocy którego Stany Zjednoczone będą finansować, kierować i nadzorować budowę kanału.

w wyścigu prezydenckim w 1904 roku, który nie miał żadnych liberalnych kandydatów, Reyes startował przeciwko innemu konserwatorowi; generałowi Joaquínowi Fernando Vélezowi, którego później pokonał za niewielką różnicę.