PROSITE is een database van biologisch significante eiwitdomeinen en-patronen die zo zijn geformuleerd dat het met geschikte computationele hulpmiddelen snel en betrouwbaar kan worden gebruikt om te bepalen welke domeinen in een eiwit aanwezig zijn (indien aanwezig), zodat een hint wordt gegeven van wat de eiwitfunctie zou kunnen zijn.

toepassingen

vooral nuttig om te begrijpen wat een nieuwe eiwitfunctie zou kunnen zijn. De psscan tool zal helpen bij het uitvoeren van het zoeken naar PROSITE patronen in een nieuwe volgorde.

belangrijkste kenmerken

• handtekeningen zijn gekoppeld aan een annotatiedocument dat de informatie bevat over het eiwitdomein dat door de handtekening wordt gedetecteerd (i.e de herkomst van de naam, de taxonomische voorkomen, domein architectuur, functie, 3D-structuur, de belangrijkste kenmerken van de reeks, domein, omvang en literatuur-verwijzingen)
• Handtekeningen worden geassocieerd met bijbehorende ProRules , die informatie bevatten voor de automatische annotatie van de domeinen van een nieuw eiwit in een gestandaardiseerd formaat, vergelijkbaar met die van de UniProtKB/Swiss-Prot database
• Informatie opgeslagen in ProRule kan worden geraadpleegd via ScanProsite, dat biedt extra functies zoals active sites of disulfide bindingen gekoppeld aan een bepaald domein

Meer informatie

belangrijkste voordelen

omdat de domeinen en hun bijbehorende patronen, profielen of handtekeningen handmatig worden gecontroleerd en zorgvuldig worden gecontroleerd, is de nauwkeurigheid van de domeintoewijzing ongeëvenaard.

literatuur

Sigrist CJA, de Castro E, Cerutti L, Cuche BA, Hulo N, Bridge A, Bougueleret L, Xenarios I. New and continuing developments at PROSITE. Nucleic Acids res. 2012; doi: 10.1093/nar/gks1067 (PDF)
Sigrist CJA, Cerutti L, Hulo N, Gattiker A, Falquet L, Pagni M, Bairoch a, Bucher P. PROSITE: een gedocumenteerde database met patronen en profielen als motiefdescriptoren. Korte Bio-Informatie. 3: 265-274 (2002) (PDF)

Licensing