PROSITE este o bază de date cu domenii și modele proteice semnificative din punct de vedere biologic formulate în așa fel încât, cu instrumente de calcul adecvate, poate fi utilizat rapid și fiabil pentru a identifica ce domenii sunt prezente într-o proteină (dacă există), oferind astfel un indiciu despre ce ar putea fi funcția proteinei.

Aplicații

utile în principal pentru a înțelege ce ar putea fi o nouă funcție proteică. Instrumentul psscan va ajuta la efectuarea căutării modelelor PROSITE într-o nouă secvență.

caracteristici cheie

• semnăturile sunt legate de un document de adnotare care conține informațiile despre domeniul proteic detectat de semnătură (i.e originea numelui său, apariția taxonomică, arhitectura domeniului, funcția, structura 3D, principalele caracteristici ale secvenței, dimensiunea domeniului și referințele din literatură)
• semnăturile sunt asociate cu prorule corespunzătoare , care conțin informații pentru adnotarea automată a domeniilor unei noi proteine într-un format standardizat similar cu cel utilizat de baza de date Uniprotkb/Swiss-Prot
• informațiile stocate în ProRule pot fi accesate prin ScanProsite, care oferă caracteristici suplimentare, cum ar fi site-uri active sau legături disulfidice asociate cu un anumit domeniu

Mai multe informații

principalele avantaje

deoarece domeniile și modelele, profilurile sau semnăturile lor corespunzătoare sunt verificate manual și revizuite cu atenție precizia atribuirii domeniului este de neegalat.

Literatură

Sigrist CJA, de Castro E, Cerutti L, Cuche BA, Hulo N, podul A, Bougueleret L, Xenarios I. evoluții noi și continue la PROSITE. Acizi nucleici Res. 2012; doi: 10.1093 / nar / gks1067 (PDF)
Sigrist CJA, Cerutti L, Hulo n, Gattiker A, Falquet L, Pagni M, Bairoch A, Bucher P. PROSITE: o bază de date documentată folosind modele și profiluri ca descriptori de motive. Scurtă Bioinformă. 3: 265-274 (2002) (PDF)

licențiere