PROSITE är en databas med biologiskt signifikanta proteindomäner och mönster formulerade på ett sådant sätt att det med lämpliga beräkningsverktyg kan användas snabbt och tillförlitligt för att identifiera vilka domäner som finns i ett protein (om något), vilket ger en antydan om vad proteinfunktionen kan vara.

applikationer

är huvudsakligen användbara för att förstå vad en ny proteinfunktion kan vara. Psscan-verktyget hjälper till att utföra sökningen efter PROSITE-mönster i en ny sekvens.

Nyckelfunktioner

• signaturer är kopplade till ett annoteringsdokument som innehåller informationen om proteindomänen som upptäckts av signaturen (i.e ursprunget till dess namn, taxonomisk förekomst, domänarkitektur, funktion, 3D-struktur, sekvensens huvudegenskaper, domänstorlek och litteraturreferenser)
• signaturer är associerade med motsvarande Proruler , som innehåller information för automatiserad anteckning av domäner av ett nytt protein i ett standardiserat format som liknar det som används av UniProtKB/Swiss-Prot-databasen
• Information lagrad i ProRule kan nås via ScanProsite, som ger ytterligare funktioner som aktiva platser eller disulfidbindningar associerade med en viss domän

Mer information

huvudfördelar

eftersom domänerna och deras motsvarande mönster, profiler eller signaturer kontrolleras manuellt och noggrant granskas är precisionen för domäntilldelningen oöverträffad.

litteratur

Sigrist CJA, de Castro E, Cerutti L, Cuche BA, Hulo N, bro A, Bougueleret L, Xenarios I. nya och fortsatta utvecklingar på PROSITE. Nukleinsyror Res. 2012; doi: 10.1093 / nar / gks1067 (PDF)
Sigrist CJA, Cerutti L, Hulo N, Gattiker A, Falquet L, Pagni M, Bairoch A, Bucher P. PROSITE: en dokumenterad databas med mönster och profiler som motivbeskrivningar. Kort Bioinform. 3:265-274(2002) (PDF)

licensiering