Prosite
PROSITE je databáze biologicky významných proteinových domén a vzory formulovány takovým způsobem, že pomocí vhodných výpočetních nástrojů může být použit rychle a spolehlivě zjistit, které domény jsou přítomny v proteinu (pokud existuje), a proto dát tip, co na funkci proteinu by mohlo být.
aplikace
hlavně užitečné pochopit, co nová funkce proteinu může být. Nástroj psscan pomůže při hledání vzorů PROSITE v nové sekvenci.
Klíčové vlastnosti
- podpisy jsou spojeny s anotačním dokumentem obsahujícím informace o proteinové doméně zjištěné podpisem (i.e původ jeho názvu, taxonomické výskyt, domény architektura, funkce, 3D struktura, základní vlastnosti sekvence, domény, velikosti a odkazy na literaturu)
- Podpisy jsou spojeny s odpovídající ProRules , které obsahují informace pro automatizované anotace domén nové bílkovin ve standardizovaném formátu, který je podobný používá UniProtKB/Swiss-Prot databáze
- Informace uložené v ProRule lze přistupovat pomocí ScanProsite, který poskytuje další funkce, jako je aktivní stránky nebo disulfidové vazby spojené s konkrétní domény
Více informací
Hlavní výhody
Protože domén a jejich odpovídající vzory, profily nebo podpisy jsou kontrolovány ručně a pečlivě přezkoumána přesnost přiřazení domény je bezkonkurenční.
Literatura
Sigrist CJA, de Castro E, Cerutti L, Cuche BA, Hulo N, Most, Bougueleret L, Xenarios I. Nové a pokračující vývoj v PROSITE. Nukleové Kyseliny Res. 2012; doi: 10.1093/nar/gks1067 (PDF)
Sigrist CJA, Cerutti L, Hulo N, Gattiker, Falquet L, Pagni M, Bairoch, Bucher P. PROSITE: dokumentovaná databáze využívající vzory a profily jako deskriptory motivu. Stručná Bioinformace. 3:265-274 (2002) (PDF)