babyer med Nager syndrom skal ses af et kraniofacialt anomaliehold umiddelbart efter fødslen, da de sandsynligvis vil have fodrings-og vejrtrækningsproblemer, der kræver øjeblikkelig opmærksomhed og behandling. Børn kan have brug for rørfodring, og de skal muligvis have et trakeotomirør placeret for at hjælpe dem med at trække vejret.

hvis rørfodring er nødvendig, skal munden stimuleres med en brystvorte eller Napp, indtil oral fodring begynder. God mundhygiejne og en diæt med lavt sukkerindhold er også vigtig, da tandrensning og behandling muligvis ikke er mulig på grund af den begrænsede åbning af kæben.

hvis kæbebevægelser er meget begrænsede, og kæben ikke kan åbnes, udføres en kirurgisk frigivelse af begrænsningerne. I nogle tilfælde vil kirurgen også forsøge at rekonstruere et temporomandibulært led. Operationen udføres normalt efter udbrud af de primære (baby) tænder, så der kan laves en tandskinne for at understøtte den kirurgiske frigivelse.

senere behandling vil omfatte kirurgiske procedurer på underkæben samt tand-og ortodontiske indgreb. På grund af øre abnormiteter kræver de fleste børn høreapparater.