PROSITE er en database med biologisk signifikante proteindomæner og mønstre formuleret på en sådan måde, at det med passende beregningsværktøjer kan bruges hurtigt og pålideligt til at identificere, hvilke domæner der er til stede i et protein (hvis nogen), og dermed give et antydning af, hvad proteinfunktionen kan være.

applikationer

hovedsagelig nyttigt at forstå, hvad en ny proteinfunktion kan være. Psscan-værktøjet hjælper med at udføre søgningen efter PROSITE-mønstre i en ny sekvens.

Nøglefunktioner

• signaturer er knyttet til et annotationsdokument, der indeholder oplysningerne om proteindomænet, der er registreret af signaturen (i.navn, taksonomisk forekomst, domænearkitektur, funktion, 3D-struktur, sekvensens hovedkarakteristika , domænestørrelse og litteraturreferencer)
• signaturer er forbundet med tilsvarende ProRules, som indeholder information til automatisk annotation af domæner af et nyt protein i et standardiseret format svarende til det, der bruges af uniprotkb/SV-prot-databasen
• Information gemt i ProRule kan fås via ScanProsite, som giver yderligere funktioner såsom aktive steder eller disulfidbindinger tilknyttet et bestemt domæne

>

Mere information

vigtigste fordele

fordi domænerne og deres tilsvarende mønstre, profiler eller signaturer kontrolleres manuelt og omhyggeligt gennemgås nøjagtigheden af domænetildelingen er uovertruffen.

litteratur

Sigrist CJA, de Castro E, Cerutti L, Cuche BA, Hulo N, Bridge a, Bougueleret L, Ksenarios I. nye og fortsatte udviklinger på PROSITE. Nukleinsyrer Res. 2012; doi: 10.1093 / nar / gks1067 (PDF)
Sigrist CJA, Cerutti L, Hulo N, Gattiker A, Falket L, Pagni M, Bairoch a, Bucher P. PROSITE: en dokumenteret database ved hjælp af mønstre og profiler som motivbeskrivere. Kort Bioform. 3:265-274 (2002) (PDF)

Licens