PROSITE ist eine Datenbank biologisch signifikanter Proteindomänen und -muster, die so formuliert ist, dass sie mit geeigneten Rechenwerkzeugen schnell und zuverlässig identifiziert werden kann, welche Domänen in einem Protein vorhanden sind (falls vorhanden), und somit einen Hinweis auf die Proteinfunktion gibt.

Anwendungen

Hauptsächlich nützlich, um zu verstehen, was eine neue Proteinfunktion sein könnte. Das psscan-Tool hilft bei der Suche nach PROSITE-Mustern in einer neuen Sequenz.

Hauptmerkmale

• Signaturen sind mit einem Annotationsdokument verknüpft, das die Informationen über die Proteindomäne enthält, die durch die Signatur (i.e Herkunft des Namens, taxonomisches Vorkommen, Domänenarchitektur, Funktion, 3D-Struktur, Hauptmerkmale der Sequenz, Domänengröße und Literaturreferenzen)
• Signaturen sind entsprechenden ProRules zugeordnet , die Informationen für die automatisierte Annotation von Domänen eines neuen Proteins in einem standardisierten Format enthalten, das dem der UniProtKB / Swiss-Prot-Datenbank ähnelt
• Auf in ProRule gespeicherte Informationen kann über ScanProsite zugegriffen werden, das zusätzliche Funktionen wie aktive Stellen oder Disulfidbindungen bereitstellt, die mit einer bestimmten Domäne verknüpft sind

Weitere Informationen

Hauptvorteile

Da die Domänen und die entsprechenden Muster, Profile oder Signaturen manuell geprüft und sorgfältig geprüft werden, ist die Genauigkeit der Domänenzuweisung konkurrenzlos.

Literatur

Sigrist CJA, de Castro E, Cerutti L, Cuche BA, Hulo N, Bridge A, Bougueleret L, Xenarios I. Neu- und Weiterentwicklungen bei PROSITE. Nukleinsäuren Res. 2012; doi: 10.1093/nar/gks1067 (PDF)
Sigrist CJA, Cerutti L, Hulo N, Gattiker A, Falquet L, Pagni M, Bairoch A, Bucher P. PROSITE: eine dokumentierte Datenbank mit Mustern und Profilen als Motivdeskriptoren. Kurze Bioinform. 3:265-274(2002) (PDF)

Lizenzierung