Invention Novelty

tämä keksintö koostuu ohjelmistosta, joka helpottaa molekyylirakenteiden ja niihin liittyvien tietojen mallintamista ja interaktiivista visualisointia.

arvolupaus

molekyylirakenteiden mallinnus ja visualisointi ovat kriittisiä, jotta saadaan tietoa biologisesta toiminnasta ja molekyylien vuorovaikutuksista sekä lääkkeiden suunnittelusta ja kehittämisestä. Tutkijoiden tarpeisiin extensible software platform UCSF Chimera on kehitetty Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (Rbvi). Tämä ohjelmisto mahdollistaa 3-D visualisoinnin ja rakenteellisen analyysin molekulaarisista kokonaisuuksista ja parantaa tutkijan työnkulkua uusilla laajennusominaisuuksilla.

Tämä ohjelmisto tarjoaa seuraavat edut:

-runsaasti ominaisuuksia, jotka ovat saatavilla sekä komentojen että graafisten rajapintojen kautta

-Molekyylidatan visualisointi kaikilla asteikoilla, mukaan lukien suuret molekyylikokoonpanot

-Integroidut sekvenssi-ja rakennenäkymät

-korkealaatuisten kuvien ja elokuvien tuotanto julkaisua ja esittämistä varten

-suunniteltu mukautumaan ohjelmistolaajennusten ulkopuoliseen kehittämiseen

-laaja käyttö akateemisille ja alan tutkijoille, kouluttajille ja opiskelijoille

Teknologiakuvaus

UCSF Chimera tarjoaa 3D-visualisoinnin molekyylirakenteista ja niihin liittyvistä tiedoista, mukaan lukien tiheyskarttoja, supramolekulaarisia kokoonpanoja, molekyylidynamiikan liikeratoja ja monisarjaisia linjauksia. Käyttäjä voi myös luoda kuvia ja animaatioita julkaisua ja esittämistä varten. Sen lisäksi, että ohjelmisto tukee ytimen visualisointia, se on suunniteltu erityisesti laajennettavuutta varten, jotta ulkopuoliset kehittäjät voivat sisällyttää siihen uusia haluttuja toimintoja. Nykyiset laajennukset sisältävät Multiscale malleja visualisoida suuren mittakaavan molekyylikokoonpanot kuten Virus takit, ViewDock näytön telakoitua ligand orientations, Volume Viewer visualisoida tiheyskarttoja, ja Multalign Viewer näyttää sekvenssin linjauksia, ylikuulumisen tahansa liittyvät rakenteet.

joitakin esimerkkejä ovat:

1. Graafinen esitys kasvainproteiini p53: n sitoutumisesta DNA: han, jossa syöpään liittyvien mutaatioiden paikat on merkitty punaisella:

2. Graafinen esitys Semliki – metsäviruksen elektronitiheyskartasta. Virus pystyy aiheuttamaan tappavan aivotulehduksen jyrsijöissä, mutta yleensä vain lieviä oireita ihmisillä:

3. Video ihmisen aivoista: kuvia atomeiksi. Tammikuuta 2014 (suora linkki – https://www.youtube.com/watch?v=RE2XMzInX_o) kuvat näyttävät vääristyneiltä, koska tämä video oli tarkoitus projisoida kupolin muotoiselle valkokankaalle.

Related Materials

• First publication: UCSF Chimera – a visualization system for exploratory research and analysis (J Comput Chem. 2004)
• tällä keksinnöllä on myös luettelo monista liitännäisjulkaisuista.