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UCSF Quimera: Modelagem Molecular de Software para Visualização e Análise de Estruturas Moleculares

a Invenção Novidade

Esta invenção consiste em um software que facilita a modelagem e visualização interativa de estruturas moleculares e os dados relacionados.

proposição de valor

Modelagem e visualização de estruturas moleculares são fundamentais para ganhar visão sobre a função biológica e interações moleculares, bem como para o design e desenvolvimento de drogas. Para atender às necessidades dos pesquisadores, a plataforma de software extensível UCSF Chimera foi desenvolvida pelo recurso para Biocomputação, visualização e Informática (RBVI). Este software permite a visualização 3-D e análise estrutural de entidades moleculares, e aumenta o fluxo de trabalho dos pesquisadores com novas funcionalidades de extensão. este software oferece as seguintes vantagens:-visualização de dados moleculares em todas as escalas, incluindo grandes conjuntos moleculares-visão integrada de sequência e estrutura-produção de imagens e filmes de alta qualidade para publicação e apresentação a UCSF Chimera oferece visualização 3-D de estruturas moleculares e dados relacionados, incluindo mapas de densidade, conjuntos supramoleculares, trajetórias da Dinâmica molecular, e alinhamentos de sequência múltipla. O usuário também pode criar imagens e animações para publicação e apresentação. Além de suportar visualização de núcleo, o software é especificamente projetado para extensibilidade, para permitir que desenvolvedores externos incorporem novas funções desejáveis. As extensões atuais incluem modelos Multiscale para visualizar conjuntos moleculares de grande escala como camadas virais, visor para orientações ligando acopladas à tela, Visualizador de Volume para visualizar mapas de densidade, e visualizador Multalign para exibir alinhamentos de sequência, com crosstalk para quaisquer estruturas associadas.

Alguns exemplos incluem:

1. Representação gráfica da proteína tumoral p53 ligando-se ao ADN, com localizações de mutações associadas ao cancro marcadas em vermelho:

SF2006-121 Nsd_picture#1

2. Representação gráfica de um mapa de densidade de elétrons do vírus da floresta de Semliki. O vírus é capaz de causar um letal encefalite em roedores, mas, geralmente, apenas sintomas leves em seres humanos:

SF2006-121 NCD_Picture #2

3. Video of Human Brain: Images to Atoms. 31 de janeiro de 2014 (link direto – https://www.youtube.com/watch?v=RE2XMzInX_o) as imagens aparecem Distorcidas como este vídeo foi planejado para ser projetado em uma tela de projeção em forma de cúpula.

SF2006-121 NCD_Picture #3

Related Materials

  • First publication: UCSF Chimera-a visualization system for exploratory research and analysis (J Comput Chem. 2004)
  • esta invenção também tem uma lista de muitas publicações associadas.