uppfinning nyhet

denna uppfinning består av programvara som underlättar modellering och interaktiv visualisering av molekylära strukturer och relaterade data.

värdeproposition

modellering och visualisering av molekylära strukturer är avgörande för att få insikt i biologisk funktion och molekylära interaktioner, liksom för läkemedelsdesign och utveckling. För att tillgodose forskarnas behov har den utbyggbara mjukvaruplattformen UCSF Chimera utvecklats av Rbvi (Resource for Biocomputing, Visualization and Informatics). Denna programvara möjliggör 3D-visualisering och strukturell analys av molekylära enheter och förbättrar forskarens arbetsflöde med nya förlängningsfunktioner.

denna programvara erbjuder följande fördelar:

-rik uppsättning funktioner som är tillgängliga via både kommandon och grafiska gränssnitt

-visualisering av molekylära data på alla skalor, inklusive stora molekylära enheter

-integrerad sekvens och strukturvyer

-produktion av högkvalitativa bilder och filmer för publicering och presentation

-utformad för att rymma utveckling utanför programtillägg

-Bred användning för akademiska och branschforskare, lärare och studenter

Teknikbeskrivning

UCSF Chimera erbjuder 3D-visualisering av molekylära strukturer och relaterade data, inklusive täthetskartor, supramolekylära enheter, molekyldynamiska banor och flera sekvensinriktningar. Användaren kan också skapa bilder och animationer för publicering och presentation. Förutom att stödja kärnvisualisering är programvaran speciellt utformad för töjbarhet, så att externa utvecklare kan införliva nya önskvärda funktioner. Nuvarande förlängningar inkluderar Multiskala modeller för att visualisera storskaliga molekylära enheter som virala rockar, ViewDock till skärm dockade ligand orienteringar, Volymvisare för att visualisera täthetskartor och Multalign Viewer för att visa sekvensinriktningar, med överhörning till alla tillhörande strukturer.

några exempel är:

1. Grafisk representation av tumörprotein p53-bindning till DNA, med platser av cancerassocierade mutationer markerade i rött:

2. Grafisk representation av en elektrondensitetskarta över Semliki-Skogsviruset. Viruset kan orsaka en dödlig encefalit hos gnagare, men i allmänhet endast milda symtom hos människor:

3. Video av mänsklig hjärna: bilder till atomer. 31 januari 2014 (direktlänk – https://www.youtube.com/watch?v=RE2XMzInX_o) bilderna verkar förvrängda eftersom den här videon var avsedd att projiceras på en kupolformad projektionsskärm.

relaterade material

• första publikationen: UCSF Chimera – ett visualiseringssystem för utforskande forskning och analys (J Comput Chem. 2004)
• denna uppfinning har också en lista över många associerade publikationer.