PROSITE est une base de données de domaines et de motifs protéiques biologiquement significatifs formulée de telle manière qu’avec des outils de calcul appropriés, elle peut être utilisée rapidement et de manière fiable pour identifier quels domaines sont présents dans une protéine (le cas échéant), donnant ainsi un indice de la fonction protéique.

Applications

Principalement utiles pour comprendre ce que pourrait être une nouvelle fonction protéique. L’outil psscan vous aidera à effectuer la recherche de motifs de PROSITE dans une nouvelle séquence.

Caractéristiques clés

• Les signatures sont liées à un document d’annotation contenant les informations sur le domaine protéique détecté par la signature (i.les signatures
• sont associées aux ProRules correspondantes, qui contiennent des informations pour l’annotation automatisée des domaines d’une nouvelle protéine dans un format standardisé similaire à celui utilisé par la base de données UniProtKB /Swiss-Prot
• Les informations stockées dans ProRule sont accessibles via ScanProsite, qui fournit des fonctionnalités supplémentaires telles que des sites actifs ou des liaisons disulfures associées à un domaine particulier

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Plus d’informations

Principaux avantages

Parce que les domaines et leurs modèles, profils ou signatures correspondants sont vérifiés manuellement et soigneusement examinés, la précision de l’attribution de domaine est inégalée.

Littérature

Sigrist CJA, de Castro E, Cerutti L, Cuche BA, Hulo N, Bridge A, Bougueleret L, Xenarios I. Développements nouveaux et continus chez PROSITE. Acides nucléiques Res. 2012; doi: 10.1093/nar/gks1067 (PDF)
Sigrist CJA, Cerutti L, Hulo N, Gattiker A, Falquet L, Pagni M, Bairoch A, Bucher P. PROSITE: une base de données documentée utilisant des motifs et des profils comme descripteurs de motifs. Brève Bioinform. 3:265-274 (2002) (PDF)

Licences