L’épidémie initiale de la maladie a eu lieu dans le complexe Regency Park qui comptait 69 appartements organisés en trois groupes de trois étages chacun, situés à Kew Gardens, dans le quartier du Queens à New York. Les médecins qui avaient vu des patients à partir du début de 1946 avaient supposé qu’ils avaient affaire à une forme atypique de varicelle, mais on s’est rendu compte qu’ils avaient affaire à une épidémie localisée d’origine inconnue à partir de l’été de cette année-là. Les médecins ont sondé les résidents du bâtiment et ont constaté qu’il y avait eu 124 cas de cette maladie de janvier à octobre parmi les 2 000 personnes vivant dans le complexe, atteignant un pic de plus de 20 cas signalés en juillet. Les personnes atteintes de la maladie étaient âgées de 3 mois à 71 ans, les hommes et les femmes étaient également touchés et l’incidence chez les adultes (6,5% des 1 400 personnes de plus de 15 ans) dépassait celle des enfants de 14 ans et moins (5,3 %).

Les individus auraient d’abord une petite lésion sur le site de la piqûre d’insecte, qui finirait par laisser une petite cicatrice. Les ganglions lymphatiques deviendraient élargis et environ une semaine après la morsure initiale, les patients commenceraient à ressentir des frissons, de la fièvre et des maux de tête, accompagnés d’une éruption maculopapulaire. L’éruption durerait environ une semaine, la progression complète de la lésion rencontrée jusqu’à la récupération étant généralement de trois semaines. Plusieurs caractéristiques ont été considérées d’un point de vue épidémiologique comme étant corrélées à la maladie. Les hommes et les femmes étaient également touchés et il n’y avait aucun lien apparent avec la profession ou l’école fréquentée. Les individus obtenaient leurs repas à plusieurs sources différentes, et d’autres individus qui vivaient ailleurs et achetaient leur nourriture à ces mêmes endroits n’avaient pas été touchés. L’approvisionnement en eau et le lait consommés y ont été testés, sans résultats inhabituels. Il y avait des chenils dans la région et certains locataires avaient des chiens comme animaux de compagnie, mais une inspection des animaux n’a trouvé ni tiques ni insectes.

De nombreux résidents avaient signalé la présence de souris dans et autour des appartements, en particulier dans les sous-sols des bâtiments près des incinérateurs, où des souris vivantes et mortes ont été retrouvées. Les déchets éliminés par les goulottes de l’incinérateur devaient être brûlés quotidiennement, les cendres étant transportées par le département de l’assainissement de la ville de New York. En raison de pénuries de main-d’œuvre, le matériel n’était pas brûlé régulièrement, laissant suffisamment de nourriture aux rongeurs. Des souris ont été piégées dans des appartements et près des incinérateurs et des anticorps contre la rickettsialpox ont été trouvés dans leur sang. En visitant le complexe avec le spécialiste de la lutte antiparasitaire et entomologiste autodidacte Charles Pomerantz, Huebner a épluché le papier peint pour trouver les murs grouillant d’acariens, à tel point que les locataires avaient dit que « les murs avaient du mouvement ». Les acariens ont été collectés et des souches de rickettsies ont été isolées de certains d’entre eux, le nom de Rickettsia akari étant donné à l’organisme.

Les responsables de la santé publique ont pris des mesures pour prévenir de nouvelles flambées de la maladie. On a dit aux opérateurs du bâtiment de s’assurer que les incinérateurs étaient allumés régulièrement pour s’assurer que la nourriture disponible pour les souris qui hébergeaient la maladie était éliminée aussi rapidement et complètement que possible. Des mesures de lutte antiparasitaire ont été prises par l’intermédiaire du département de la Santé de la ville de New York et de son commissaire Israel Weinstein pour éliminer les souris dans et autour des bâtiments avec la coopération des propriétaires.

20 autres cas de rickettsialpox ont été découverts ailleurs à New York au cours de l’enquête sur l’épidémie de Queens, dont 10 cas trouvés dans un immeuble du Bronx qui avait initialement été diagnostiqué comme une varicelle atypique. Des souris ont été trouvées dans le sous-sol de ce bâtiment, ainsi que des acariens appartenant à la même classe que ceux trouvés dans les reines. En plus des premiers cas de la première épidémie dans le Queens, plus de 500 cas de la maladie ont été diagnostiqués à New York de 1947 à 1951.