A PROSITE egy biológiailag jelentős fehérje domének és minták adatbázisa, amelyet úgy alakítottak ki, hogy megfelelő számítási eszközökkel gyorsan és megbízhatóan azonosítható legyen, hogy mely domének vannak jelen egy fehérjében (ha van ilyen), ezért adjon egy tippet a fehérje funkciójáról.

Alkalmazások

elsősorban hasznos megérteni, hogy mi lehet egy új fehérje funkció. A psscan eszköz segít a PROSITE minták keresésében egy új sorrendben.

Főbb jellemzők

• az aláírások egy annotációs dokumentumhoz kapcsolódnak, amely tartalmazza az aláírás által észlelt fehérje doménre vonatkozó információkat (i.
• az aláírások a megfelelő Prorulákhoz vannak társítva, amelyek információkat tartalmaznak egy új fehérje doménjeinek automatizált annotációjához az UniProtKB/Swiss-Prot adatbázishoz hasonló szabványosított formátumban
• a ProRule-ban tárolt információk a ScanProsite-on keresztül érhetők el, amely további funkciókat biztosít, például egy adott doménhez kapcsolódó aktív helyeket vagy diszulfidkötéseket

További információk

fő előnyök

mivel a domainek és a hozzájuk tartozó minták, profilok vagy aláírások ellenőrzése manuálisan történik, és gondosan áttekintve a domain hozzárendelés pontossága páratlan.

Irodalom

Sigrist CJA, de Castro E, Cerutti L, Cuche BA, Hulo N, Bridge A, Bougueleret L, Xenarios I. új és folyamatos fejlesztések a PROSITE-nál. Nukleinsavak res. 2012; doi: 10.1093/nar/gks1067 (PDF)
Sigrist CJA, Cerutti L, Hulo N, Gattiker A, Falquet L, Pagni M, Bairoch A, Bucher P. PROSITE: dokumentált adatbázis, amely mintákat és profilokat használ motívumleíróként. Rövid Bioinformáció. 3: 265-274(2002) (PDF)

licenc