Invenzione Novità

Questa invenzione consiste in un software che facilita la modellazione e la visualizzazione interattiva di strutture molecolari e i relativi dati.

Value Proposition

La modellazione e la visualizzazione delle strutture molecolari sono fondamentali per ottenere informazioni sulla funzione biologica e sulle interazioni molecolari, nonché per la progettazione e lo sviluppo di farmaci. Per rispondere alle esigenze dei ricercatori, la piattaforma software estensibile UCSF Chimera è stata sviluppata dalla Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI). Questo software consente la visualizzazione 3D e l’analisi strutturale di entità molecolari e migliora il flusso di lavoro dei ricercatori con nuove funzionalità di estensione.

Questo software offre i seguenti vantaggi:

-Ricco set di funzionalità, accessibile sia attraverso i comandi e interfacce grafiche

-Visualizzazione di dati molecolari su tutte le scale, anche di grande molecolare assembly

-sequenza Integrata e viste della struttura

-la Produzione di immagini di alta qualità e di film per la pubblicazione e la presentazione

-Progettato per ospitare all’esterno di sviluppo di software estensioni

-Largo uso di accademici e ricercatori per l’industria, docenti e studenti

Descrizione della Tecnologia

UCSF Chimera offre 3-D visualizzazione di strutture molecolari e i relativi dati, tra cui mappe di densità, assiemi supramolecolari, traiettorie di dinamica molecolare e allineamenti di sequenze multiple. L’utente può anche creare immagini e animazioni per la pubblicazione e la presentazione. Oltre a supportare la visualizzazione di base, il software è specificamente progettato per l’estensibilità, per consentire agli sviluppatori esterni di incorporare nuove funzioni desiderabili. Le estensioni attuali includono modelli multiscala per visualizzare assiemi molecolari su larga scala come cappotti virali, ViewDock per schermare gli orientamenti dei ligandi ancorati, Volume Viewer per visualizzare mappe di densità e Multalign Viewer per visualizzare allineamenti di sequenza, con diafonia a qualsiasi struttura associata.

Alcuni esempi includono:

1. Rappresentazione grafica della proteina tumorale p53 che si lega al DNA, con le posizioni delle mutazioni associate al cancro contrassegnate in rosso:

2. Rappresentazione grafica di una mappa di densità elettronica del virus della foresta di Semliki. Il virus è in grado di causare un’encefalite letale nei roditori, ma generalmente solo sintomi lievi negli esseri umani:

3. Video del cervello umano: Immagini agli atomi. 31 Gennaio 2014 (Direct Link – https://www.youtube.com/watch?v=RE2XMzInX_o) Le immagini appaiono distorte in quanto questo video è stato progettato per essere proiettato su uno schermo di proiezione a forma di cupola.

Materiali correlati

• Prima pubblicazione: UCSF Chimera – a visualization system for exploratory research and analysis (J Comput Chem. 2004)
• Questa invenzione ha anche un elenco di molte pubblicazioni associate.