PROSTITE jest bazą danych biologicznie istotnych domen białkowych i wzorców sformułowanych w taki sposób, że za pomocą odpowiednich narzędzi obliczeniowych można szybko i niezawodnie zidentyfikować, które domeny są obecne w białku (jeśli występują), stąd dać wskazówkę, jaka może być funkcja białka.

Aplikacje

głównie przydatne do zrozumienia, czym może być nowa funkcja białka. Narzędzie psscan pomoże przeprowadzić wyszukiwanie wzorców PROSYTOWYCH w nowej sekwencji.

Kluczowe cechy

• sygnatury są powiązane z dokumentem adnotacyjnym zawierającym informacje o domenie białka wykrytej przez sygnaturę (i.e pochodzenie jego nazwy, występowanie taksonomiczne, Architektura domeny, funkcja, struktura 3D, główne cechy sekwencji, rozmiar domeny i odniesienia do literatury)
• podpisy są powiązane z odpowiednimi Prorulami , które zawierają informacje do automatycznej adnotacji domen nowego białka w standaryzowanym formacie podobnym do używanego przez bazę danych UniProtKB/Swiss-Prot
• informacje przechowywane w ProRule można uzyskać za pośrednictwem ScanProsite, który zapewnia dodatkowe funkcje, takie jak aktywne miejsca lub wiązania dwusiarczkowe związane z określoną domeną
• li >

Więcej informacji

główne zalety

ponieważ domeny i odpowiadające im wzorce, profile lub podpisy są sprawdzane ręcznie, a dokładność przypisania domeny jest bezkonkurencyjna.

Literatura

Sigrist CJA, de Castro E, Cerutti L, Cuche BA, Hulo N, Bridge a, Bougueleret L, Xenarios I. New and continuing developments at PROSITE. Nucleic Acids Res. 2012; DOI: 10.1093/nar/gks1067 (PDF)
Sigrist cja, Cerutti L, Hulo N, Gattiker a, Falquet L, Pagni m, Bairoch a, Bucher P. PROSITE: udokumentowana baza danych wykorzystująca wzorce i profile jako deskryptory motywów. Krótka Bioinformacja. 3: 265-274 (2002) (PDF)