Noutatea invenției

această invenție constă în software care facilitează modelarea și vizualizarea interactivă a structurilor moleculare și a datelor conexe.

propunere de valoare

modelarea și vizualizarea structurilor moleculare sunt esențiale pentru a obține o perspectivă asupra funcției biologice și a interacțiunilor moleculare, precum și pentru proiectarea și dezvoltarea medicamentelor. Pentru a răspunde nevoilor cercetătorilor, platforma software extensibilă UCSF Chimera a fost dezvoltată de resursa pentru Biocomputare, vizualizare și Informatică (RBVI). Acest software permite vizualizarea 3-D și analiza structurală a entităților moleculare și îmbunătățește fluxul de lucru al cercetătorilor cu caracteristici de extensie noi.

acest software oferă următoarele avantaje:

-set bogat de caracteristici accesibile prin ambele comenzi și interfețe grafice

-vizualizarea datelor moleculare pe toate scalele, inclusiv ansambluri moleculare mari

-secvență integrată și structura vizualizări

-producerea de imagini de înaltă calitate și filme pentru publicare și prezentare

-proiectat pentru a se potrivi în afara de dezvoltare de extensii de software

-utilizarea pe scară largă chimera oferă vizualizare 3-D a structurilor moleculare și a datelor conexe, inclusiv hărți de densitate, ansambluri supramoleculare, traiectorii de dinamică moleculară și alinieri multiple de secvență. Utilizatorul poate crea, de asemenea, imagini și animații pentru publicare și prezentare. Pe lângă sprijinirea vizualizare de bază, software-ul este conceput special pentru extensibilitate, pentru a permite dezvoltatorilor din afara pentru a încorpora noi funcții de dorit. Extensiile actuale includ modele Multiscale pentru a vizualiza ansambluri moleculare la scară largă, cum ar fi straturi virale, ViewDock la ecran andocat orientări ligand, volum Viewer pentru a vizualiza hărți densitate, și Multalign Viewer pentru a afișa aliniamente secvență, cu crosstalk la orice structuri asociate.

câteva exemple includ:

1. Reprezentarea grafică a proteinei tumorale p53 care se leagă de ADN, cu locațiile mutațiilor asociate cancerului marcate cu roșu:

2. Reprezentarea grafică a unei hărți a densității electronilor a virusului forestier Semliki. Virusul este capabil să provoace o encefalită letală la rozătoare, dar în general doar simptome ușoare la om:

3. Video a creierului uman: imagini la atomi. 31 ianuarie 2014 (legătură directă – https://www.youtube.com/watch?v=RE2XMzInX_o) imaginile apar distorsionate, deoarece acest videoclip a fost destinat să fie proiectat pe un ecran de proiecție în formă de cupolă.

materiale conexe

• prima publicare: UCSF Chimera – un sistem de vizualizare pentru cercetare și analiză exploratorie (J Comput Chem. 2004)
• această invenție are, de asemenea, o listă cu multe publicații asociate.