Invention Novelty

deze uitvinding bestaat uit software die modellering en interactieve visualisatie van moleculaire structuren en gerelateerde data vergemakkelijkt.

waardepropositie

modellering en visualisatie van moleculaire structuren zijn cruciaal voor het verkrijgen van inzicht in biologische functie en moleculaire interacties, evenals voor het ontwerp en de ontwikkeling van geneesmiddelen. Om aan de behoeften van onderzoekers te voldoen, is het uitbreidbare softwareplatform UCSF Chimera ontwikkeld door de Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI). Deze software zorgt voor 3-D visualisatie en structurele analyse van moleculaire entiteiten, en verbetert onderzoeker workflow met nieuwe extensie functies.

Deze software biedt de volgende voordelen:

-rijke reeks functies die toegankelijk zijn via zowel commando ‘ s als grafische interfaces

-visualisatie van moleculaire gegevens op alle schalen, inclusief grote moleculaire samenstellingen

-geïntegreerde sequentie-en structuurweergaven

-productie van afbeeldingen en films van hoge kwaliteit voor publicatie en presentatie

-ontworpen voor externe ontwikkeling van software-uitbreidingen

-Breed gebruik voor academische en industriële onderzoekers, opvoeders en studenten

UCSF Chimera biedt 3-D visualisatie van moleculaire structuren en gerelateerde data, waaronder dichtheidskaarten, supramoleculaire assemblages, moleculaire dynamica trajecten, en meerdere sequentie alignments. De gebruiker kan ook afbeeldingen en animaties maken voor publicatie en presentatie. Naast het ondersteunen van core visualisatie, is de software speciaal ontworpen voor uitbreidbaarheid, zodat externe ontwikkelaars om nieuwe gewenste functies op te nemen. Huidige uitbreidingen omvatten Multiscale modellen om grootschalige moleculaire assemblages zoals virale coats te visualiseren, ViewDock om ligand-oriëntaties te screenen, Volume Viewer om dichtheidskaarten te visualiseren, en Multalign Viewer om sequentieuitlijningen weer te geven, met kruisverwijzing naar alle bijbehorende structuren.

enkele voorbeelden zijn:

1. Grafische weergave van tumoreiwit p53 binding aan DNA, met locaties van kanker-geassocieerde mutaties gemarkeerd in rood:

2. Grafische weergave van een elektronendensiteitskaart van het Semliki Forest virus. Het virus kan bij knaagdieren een dodelijke encefalitis veroorzaken, maar over het algemeen slechts lichte symptomen bij mensen:

3. Video van het menselijk brein: beelden naar atomen. 31 januari 2014 (Direct Link – https://www.youtube.com/watch?v=RE2XMzInX_o) de beelden lijken vervormd omdat deze video bedoeld was om te worden geprojecteerd op een koepelvormig projectiescherm.

gerelateerd materiaal

• eerste publicatie: UCSF Chimera – a visualization system for explorative research and analysis (J Comput Chem. 2004)
• deze uitvinding bevat ook een lijst van vele verwante publicaties.