opfindelse nyhed

denne opfindelse består af programmer, der letter modellering og interaktiv visualisering af molekylære strukturer og relaterede data.

værdiproposition

modellering og visualisering af molekylære strukturer er afgørende for at få indsigt i biologisk funktion og molekylære interaktioner samt for lægemiddeldesign og-udvikling. For at imødekomme forskerens behov er UCSF Chimera udviklet af Resource for Biocomputing, visualisering og Informatik (RBVI). Dette program giver mulighed for 3D visualisering og strukturel analyse af molekylære enheder, og forbedrer forsker arbejdsgang med nye udvidelse funktioner.

dette program giver følgende fordele:

-rigt sæt funktioner, der er tilgængelige via både kommandoer og grafiske grænseflader

-visualisering af molekylære data på alle skalaer, herunder store molekylære samlinger

-integreret sekvens-og strukturvisninger

-produktion af billeder og film i høj kvalitet til offentliggørelse og præsentation

-designet til at rumme ekstern udvikling af programudvidelser

-Bred anvendelse til akademiske forskere og industriforskere, undervisere og studerende

Teknologibeskrivelse

UCSF Chimera tilbyder 3D-visualisering af molekylære strukturer og relaterede data, herunder tæthedskort, supramolekylære samlinger, molekylære dynamikbaner og flere sekvensjusteringer. Brugeren kan også oprette billeder og animationer til offentliggørelse og præsentation. Udover at understøtte kernevisualisering er programmet specielt designet til udvidelighed, så eksterne udviklere kan indarbejde nye ønskelige funktioner. Nuværende udvidelser inkluderer Multiskalamodeller til visualisering af store molekylære samlinger som virale frakker, visning til skærm docket ligandorienteringer, Volumenfremviser til visualisering af tæthedskort og Multalign-fremviser til visning af sekvensjusteringer med krydstale til eventuelle tilknyttede strukturer.

nogle eksempler inkluderer:

1. Grafisk repræsentation af tumorprotein p53-binding til DNA med placeringer af kræftassocierede mutationer markeret med rødt:

2. Grafisk repræsentation af et elektrontæthedskort over Semliki Forest-virussen. Virussen er i stand til at forårsage en dødelig encephalitis hos gnavere, men generelt kun milde symptomer hos mennesker:

3. Video af menneskelig hjerne: billeder til atomer. 31. januar 2014 (Direct Link – https://www.youtube.com/watch?v=RE2XMzInX_o) billederne ser forvrængede ud, da denne video var beregnet til at blive projiceret på en kuppelformet projektionsskærm.

relaterede materialer

• første publikation: UCSF Chimera – et visualiseringssystem til sonderende forskning og analyse (J Comput Chem. 2004)
• denne opfindelse har også en liste over mange tilknyttede publikationer.