VMD on molekyyligrafiikkaohjelma, joka on suunniteltu molekyylikokoonpanojen, erityisesti biopolymeerien kuten proteiinien ja nukleiinihappojen, näyttämiseen ja analysointiin. VMD voi samanaikaisesti näyttää minkä tahansa määrän rakenteita käyttäen monenlaisia renderöintityylejä ja väritysmenetelmiä. Molekyylit esitetään yhtenä tai useampana ”representaationa”, jossa jokainen representaatio ilmentää tiettyä renderöintimenetelmää ja väritystapaa valitulle atomien osajoukolle. Jokaisessa esityksessä näkyvät atomit valitaan käyttämällä laajaa atomien valintasyntaksia, joka sisältää Boolen operaattorit ja säännölliset lausekkeet. VMD tarjoaa täydellisen graafisen käyttöliittymän ohjelmien ohjaukseen sekä tekstirajapinnan käyttäen TCL-upotettavaa jäsennintä, joka mahdollistaa monimutkaiset skriptit muuttuvilla korvauksilla, säätösilmukoilla ja funktiokutsuilla. Koko istunnon kirjaaminen on tuettu, mikä tuottaa VMD-komentosarjan myöhempää toistoa varten. Korkearesoluutioisia rasterikuvia näytetyistä molekyyleistä voidaan tuottaa generoimalla syöttökomentosarjoja useiden fotorealististen kuvantoistosovellusten käyttöön. VMD on myös nimenomaisesti suunniteltu kyky animoida molecular dynamics (MD) simulointi liikeradat, tuotu joko tiedostoista tai suora yhteys käynnissä MD simulointi. VMD on rakennebiologian vuorovaikutteisen ongelmanratkaisun apuvälineiden mdscope: n visualisointikomponentti, johon kuuluu myös rinnakkainen MD-ohjelma NAMD sekä visualisointi-ja simulointiohjelmien yhdistämiseen käytetty mdcomm-ohjelmisto. VMD on kirjoitettu C++ – kielellä käyttäen oliokeskeistä suunnittelua; ohjelma, mukaan lukien lähdekoodi ja laaja dokumentaatio, on vapaasti saatavilla anonyymin ftp: n kautta ja World Wide Webin kautta.