VMD är ett molekylärt grafikprogram utformat för visning och analys av molekylära enheter, särskilt biopolymerer som proteiner och nukleinsyror. VMD kan samtidigt visa valfritt antal strukturer med hjälp av en mängd olika rendering stilar och färgmetoder. Molekyler visas som en eller flera ”representationer”, där varje representation förkroppsligar en viss återgivningsmetod och färgschema för en vald delmängd av atomer. Atomerna som visas i varje representation väljs med hjälp av en omfattande atomvalssyntax, som inkluderar Booleska operatorer och reguljära uttryck. VMD tillhandahåller ett komplett grafiskt användargränssnitt för programstyrning, samt ett textgränssnitt med TCL-inbäddningsbar parser för att möjliggöra komplexa skript med variabel substitution, kontrollslingor och funktionsanrop. Full sessionsloggning stöds, vilket ger ett VMD-kommandoskript för senare uppspelning. Högupplösta rasterbilder av visade molekyler kan produceras genom att generera inmatningsskript för användning av ett antal fotorealistiska bildåtergivningsapplikationer. VMD har också uttryckligen utformats med förmågan att animera molekyldynamiska simuleringsbanor (MD), importerade antingen från filer eller från en direkt anslutning till en löpande MD-simulering. VMD är visualiseringskomponenten i MDScope, en uppsättning verktyg för interaktiv problemlösning inom strukturbiologi, som också inkluderar det parallella MD-programmet NAMD och MDCOMM-programvaran som används för att ansluta visualiserings-och simuleringsprogrammen. VMD är skriven i C++, med hjälp av en objektorienterad design; programmet, inklusive källkod och omfattande dokumentation, är fritt tillgängligt via anonym ftp och Via World Wide Web.