VMD es un programa de gráficos moleculares diseñado para la visualización y el análisis de conjuntos moleculares, en particular biopolímeros como proteínas y ácidos nucleicos. VMD puede mostrar simultáneamente cualquier número de estructuras utilizando una amplia variedad de estilos de renderizado y métodos de coloración. Las moléculas se muestran como una o más «representaciones», en las que cada representación encarna un método de representación y un esquema de coloración particulares para un subconjunto seleccionado de átomos. Los átomos mostrados en cada representación se eligen utilizando una extensa sintaxis de selección de átomos, que incluye operadores booleanos y expresiones regulares. VMD proporciona una interfaz gráfica de usuario completa para el control de programas, así como una interfaz de texto que utiliza el analizador integrado Tcl para permitir scripts complejos con sustitución de variables, bucles de control y llamadas a funciones. Se admite el registro de sesión completa, que produce un script de comandos VMD para su posterior reproducción. Las imágenes ráster de alta resolución de las moléculas mostradas se pueden producir generando scripts de entrada para su uso por una serie de aplicaciones de renderizado de imágenes fotorrealistas. VMD también se ha diseñado expresamente con la capacidad de animar trayectorias de simulación de dinámica molecular (MD), importadas desde archivos o desde una conexión directa a una simulación de MD en ejecución. VMD es el componente de visualización de MDScope, un conjunto de herramientas para la resolución interactiva de problemas en biología estructural, que también incluye el programa paralelo de MD NAMD y el software MDCOMM utilizado para conectar los programas de visualización y simulación. VMD está escrito en C++, utilizando un diseño orientado a objetos; el programa, que incluye código fuente y documentación extensa, está disponible gratuitamente a través de ftp anónimo y a través de la World Wide Web.