VMD je molekulární grafický program určený pro zobrazení a analýzu molekulární sestavy, zejména biopolymerů, jako jsou proteiny a nukleové kyseliny. VMD může současně zobrazit libovolný počet struktur pomocí široké škály stylů vykreslování a metod barvení. Molekuly jsou zobrazeny jako jedna nebo více „reprezentací“, ve kterých každá reprezentace ztělesňuje konkrétní metodu Vykreslování a schéma zbarvení pro vybranou podmnožinu atomů. Atomy zobrazené v každé reprezentaci jsou vybrány pomocí rozsáhlé syntaxe výběru atomu, která zahrnuje Booleovské operátory a regulární výrazy. VMD poskytuje kompletní grafické uživatelské rozhraní pro řízení programu, stejně jako textové rozhraní pomocí TCL embeddable parser umožnit komplexní skripty s proměnnou substituce, kontrolní smyčky, a volání funkcí. Je podporováno úplné protokolování relací, které vytváří příkazový skript VMD pro pozdější přehrávání. Rastrové obrazy zobrazovaných molekul s vysokým rozlišením mohou být vytvářeny generováním vstupních skriptů pro použití v řadě fotorealistických aplikací pro vykreslování obrázků. VMD byl také výslovně navržen s možností animovat molecular dynamics (MD) simulační trajektorie, importované buď ze souborů nebo z přímého připojení k běžící simulaci MD. VMD je vizualizace složka MDScope, sada nástrojů pro interaktivní řešení problémů v strukturní biologie, která zahrnuje také paralelní MD program NAMD, a MDCOMM software používá pro připojení vizualizace a simulace programů. VMD je napsán v C++ pomocí objektově orientovaného designu; program, včetně zdrojového kódu a rozsáhlé dokumentace, je volně dostupný přes anonymní ftp a prostřednictvím World Wide Web.