Nouveauté de l’invention

Cette invention consiste en un logiciel qui facilite la modélisation et la visualisation interactive des structures moléculaires et des données connexes.

Proposition de valeur

La modélisation et la visualisation des structures moléculaires sont essentielles pour mieux comprendre la fonction biologique et les interactions moléculaires, ainsi que pour la conception et le développement de médicaments. Pour répondre aux besoins des chercheurs, la plateforme logicielle extensible UCSF Chimera a été développée par the Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI). Ce logiciel permet la visualisation 3D et l’analyse structurelle des entités moléculaires, et améliore le flux de travail des chercheurs avec de nouvelles fonctionnalités d’extension.

Ce logiciel offre les avantages suivants:

– Riche ensemble de fonctionnalités accessibles à la fois via des commandes et des interfaces graphiques

– Visualisation des données moléculaires à toutes les échelles, y compris les grands assemblages moléculaires

– Vues de séquence et de structure intégrées

– Production d’images et de films de haute qualité pour publication et présentation

– Conçu pour accueillir le développement externe d’extensions logicielles

– Large utilisation pour les chercheurs universitaires et industriels, les éducateurs et les étudiants

Description de la technologie

UCSF Chimera offre une visualisation 3D des structures moléculaires et des données associées, notamment cartes de densité, assemblages supramoléculaires, trajectoires de dynamique moléculaire et alignements de séquences multiples. L’utilisateur peut également créer des images et des animations pour publication et présentation. En plus de prendre en charge la visualisation de base, le logiciel est spécialement conçu pour l’extensibilité, afin de permettre aux développeurs externes d’intégrer de nouvelles fonctions souhaitables. Les extensions actuelles incluent des modèles multi-échelles pour visualiser des assemblages moléculaires à grande échelle tels que des couches virales, ViewDock pour filtrer les orientations des ligands ancrés, une visionneuse de volume pour visualiser les cartes de densité et une visionneuse Multi-signaux pour afficher les alignements de séquence, avec une diaphonie vers toutes les structures associées.

Quelques exemples incluent :

1. Représentation graphique de la protéine tumorale p53 se liant à l’ADN, avec les emplacements des mutations associées au cancer marqués en rouge :

2. Représentation graphique d’une carte de densité électronique du virus de la forêt de Semliki. Le virus peut provoquer une encéphalite mortelle chez les rongeurs, mais généralement seulement des symptômes bénins chez l’homme:

3. Vidéo du Cerveau humain: Images aux Atomes. 31 janvier 2014 (Lien direct – https://www.youtube.com/watch?v=RE2XMzInX_o) Les images apparaissent déformées car cette vidéo était destinée à être projetée sur un écran de projection en forme de dôme.

Matériel connexe

• Première publication: UCSF Chimera – un système de visualisation pour la recherche et l’analyse exploratoires (J Comput Chem. 2004)
• Cette invention contient également une liste de nombreuses publications associées.