találmány újdonság

A találmány olyan szoftverből áll, amely megkönnyíti a molekuláris struktúrák és a kapcsolódó adatok modellezését és interaktív megjelenítését.

értékajánlat

a molekuláris struktúrák modellezése és vizualizálása kritikus fontosságú a biológiai funkciókra és a molekuláris kölcsönhatásokra, valamint a gyógyszerek tervezésére és fejlesztésére. A kutatók igényeinek kielégítésére az UCSF Chimera bővíthető szoftverplatformot a resource for Biocomputing, Visualization and Informatics (RBVI) fejlesztette ki. Ez a szoftver lehetővé teszi a molekuláris entitások 3D-s megjelenítését és szerkezeti elemzését, és új kiterjesztési funkciókkal javítja a kutatói munkafolyamatot.

Ez a szoftver a következő előnyöket kínálja:

Gazdag funkciókészlete keresztül elérhető parancsok mindkét grafikus felületek

-Vizualizáció a molekuláris adatok minden mérleg, beleértve a nagy molekuláris szerelvények

-Integrált sorrend, szerkezet nézetek

-Termelés magas minőségű képek, filmek a kiadvány bemutatója

-úgy Tervezték, hogy elférjen kívül szoftverfejlesztés fájlokat

-Széles felhasználás, az egyetemi, illetve az ipar kutatók, pedagógusok, de a diákok

a Technológia Leírás

san franciscó-i egyetemen Chimera kínál 3-D-s megjelenítés a molekuláris struktúrák, valamint a kapcsolódó adatok, beleértve sűrűségtérképek, szupramolekuláris összeállítások, molekuláris dinamikai pályák és többszörös szekvenciaillesztések. A felhasználó képeket és animációkat is létrehozhat a közzétételhez és a bemutatáshoz. A központi megjelenítés támogatása mellett a szoftvert kifejezetten a bővíthetőségre tervezték, hogy a külső fejlesztők új kívánatos funkciókat építhessenek be. A jelenlegi kiterjesztések közé tartoznak a többlépcsős modellek a nagyméretű molekuláris szerelvények, például a vírusrétegek megjelenítéséhez, a ViewDock a dokkolt ligand orientációk megjelenítéséhez, a Volume Viewer a sűrűségtérképek megjelenítéséhez, a Multalign Viewer pedig a szekvenciaillesztések megjelenítéséhez, a kapcsolódó struktúrák áthallásával.

néhány példa:

1. A DNS-hez kötődő p53 tumorfehérje grafikus ábrázolása, a rákkal összefüggő mutációk helyeivel piros színnel jelölve:

2. A Semliki erdei vírus elektronsűrűségi térképének grafikus ábrázolása. A vírus halálos encephalitist okozhat rágcsálókban, de általában csak enyhe tüneteket okoz az emberekben:

3. Videó az emberi agyról: Képek Az atomokhoz. Január 31, 2014 (Direct Link – https://www.youtube.com/watch?v=RE2XMzInX_o) a képek torznak tűnnek, mivel ezt a videót egy kupola alakú vetítővászonra tervezték vetíteni.

kapcsolódó anyagok

• első publikáció: UCSF Chimera – a vizualizációs rendszer feltáró kutatás és elemzés (J Comput Chem. 2004)
• ez a találmány számos kapcsolódó publikáció listáját is tartalmazza.