VMD è un programma di grafica molecolare progettato per la visualizzazione e l’analisi di assiemi molecolari, in particolare biopolimeri come proteine e acidi nucleici. VMD può visualizzare contemporaneamente qualsiasi numero di strutture utilizzando un’ampia varietà di stili di rendering e metodi di colorazione. Le molecole vengono visualizzate come una o più “rappresentazioni”, in cui ogni rappresentazione incarna un particolare metodo di rendering e schema di colorazione per un sottoinsieme selezionato di atomi. Gli atomi visualizzati in ogni rappresentazione vengono scelti utilizzando una sintassi di selezione degli atomi estesa, che include operatori booleani ed espressioni regolari. VMD fornisce un’interfaccia utente grafica completa per il controllo del programma, nonché un’interfaccia di testo che utilizza il parser embeddable Tcl per consentire script complessi con sostituzione variabile, loop di controllo e chiamate di funzione. È supportata la registrazione completa della sessione, che produce uno script di comando VMD per la riproduzione successiva. Immagini raster ad alta risoluzione di molecole visualizzate possono essere prodotte generando script di input per l’uso da un certo numero di applicazioni di rendering di immagini fotorealistiche. VMD è stato anche espressamente progettato con la capacità di animare le traiettorie di simulazione molecular dynamics (MD), importate da file o da una connessione diretta a una simulazione MD in esecuzione. VMD è il componente di visualizzazione di MDScope, un insieme di strumenti per la risoluzione interattiva dei problemi in biologia strutturale, che include anche il programma MD parallelo NAMD e il software MDCOMM utilizzato per collegare i programmi di visualizzazione e simulazione. VMD è scritto in C++, utilizzando un design orientato agli oggetti; il programma, incluso il codice sorgente e un’ampia documentazione, è liberamente disponibile tramite ftp anonimo e attraverso il World Wide Web.