VMD ER en molekylær grafikk program utviklet for visning og analyse av molekylære forsamlinger, spesielt biopolymerer som proteiner og nukleinsyrer. VMD kan samtidig vise en rekke strukturer ved hjelp av en rekke gjengivelse stiler og fargemetoder. Molekyler vises som en eller flere «representasjoner», hvor hver representasjon legemliggjør en bestemt gjengivelsesmetode og fargeskjema for en valgt delmengde av atomer. Atomene som vises i hver representasjon er valgt ved hjelp av en omfattende atom utvalg syntaks, som inkluderer Boolske operatører og regulære uttrykk. VMD gir et komplett grafisk brukergrensesnitt for programkontroll, samt et tekstgrensesnitt som bruker tcl-innebyggbar parser for å tillate komplekse skript med variabel substitusjon, kontrollsløyfer og funksjonssamtaler. Full session logging støttes, som produserer EN VMD command script for senere avspilling. Høyoppløselige rasterbilder av viste molekyler kan produseres ved å generere inndataskript for bruk av en rekke fotorealistiske bildegjengivelsesprogrammer. VMD har også blitt uttrykkelig designet med evnen til å animere molekylær dynamikk (MD) simuleringsbaner, importert enten fra filer eller fra en direkte tilkobling til en løpende MD-simulering. VMD er visualiseringskomponenten I MDScope, et sett med verktøy for interaktiv problemløsning i strukturbiologi, som også inkluderer det parallelle MD-programmet NAMD, OG MDCOMM-programvaren som brukes til å koble visualiserings-og simuleringsprogrammene. VMD er skrevet I C++, ved hjelp av en objektorientert design; programmet, inkludert kildekode og omfattende dokumentasjon, er fritt tilgjengelig via anonym ftp og Via World Wide Web.