wynalazek Nowość

wynalazek ten składa się z oprogramowania, które ułatwia modelowanie i interaktywną wizualizację struktur molekularnych i powiązanych danych.

propozycja wartości

Modelowanie i wizualizacja struktur molekularnych mają kluczowe znaczenie dla uzyskania wglądu w funkcje biologiczne i interakcje molekularne, a także dla projektowania i rozwoju leków. Aby zaspokoić potrzeby naukowców, rozszerzalna platforma oprogramowania UCSF Chimera została opracowana przez Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI). To oprogramowanie pozwala na wizualizację 3-D i analizę strukturalną jednostek molekularnych i usprawnia przepływ pracy badacza dzięki nowatorskim funkcjom rozszerzenia.

To oprogramowanie oferuje następujące zalety:

-bogaty zestaw funkcji dostępnych zarówno za pomocą poleceń, jak i interfejsów graficznych

-Wizualizacja danych molekularnych we wszystkich skalach, w tym dużych zespołów molekularnych

-zintegrowane widoki sekwencji i struktury

-produkcja wysokiej jakości obrazów i filmów do publikacji i prezentacji

-zaprojektowana z myślą o zewnętrznym rozwoju rozszerzeń oprogramowania

-szerokie zastosowanie dla naukowców akademickich i przemysłowych, nauczycieli i studentów

opis technologii

UCSF chimera oferuje trójwymiarową wizualizację struktur molekularnych i powiązanych danych, w tym mapy gęstości, zespoły supramolekularne, trajektorie dynamiki molekularnej i wielokrotne wyrównania sekwencji. Użytkownik może również tworzyć obrazy i animacje do publikacji i prezentacji. Oprócz obsługi wizualizacji rdzenia, oprogramowanie jest specjalnie zaprojektowane pod kątem rozszerzalności, aby umożliwić zewnętrznym programistom włączenie nowych pożądanych funkcji. Obecne rozszerzenia obejmują modele Wieloskalowe do wizualizacji wielkoskalowych zespołów molekularnych, takich jak powłoki wirusowe, ViewDock do ekranowania zadokowanych orientacji ligandów, Volume Viewer do wizualizacji map gęstości i Multalign Viewer do wyświetlania wyrównań sekwencji z przesłuchem do dowolnych powiązanych struktur.

niektóre przykłady obejmują:

1. Graficzna reprezentacja białka nowotworowego p53 wiążącego się z DNA, z lokalizacjami mutacji związanych z rakiem zaznaczonymi na Czerwono:

2. Graficzne przedstawienie mapy gęstości elektronów wirusa lasu Semliki. Wirus może powodować śmiertelne zapalenie mózgu u gryzoni, ale na ogół tylko łagodne objawy u ludzi:

3. Wideo z ludzkiego mózgu: Obrazy do atomów. 31 stycznia 2014 (bezpośredni Link – https://www.youtube.com/watch?v=RE2XMzInX_o) obrazy są zniekształcone, ponieważ film miał być wyświetlony na ekranie projekcyjnym w kształcie kopuły.

materiały pokrewne

• pierwsza publikacja: UCSF Chimera – a visualization system for exploratory research and analysis (J Comput Chem. 2004)
• wynalazek ten ma również listę wielu powiązanych publikacji.