VMD este un program grafic molecular conceput pentru afișarea și analiza ansamblurilor moleculare, în special biopolimeri, cum ar fi proteinele și acizii nucleici. VMD poate afișa simultan orice număr de structuri folosind o mare varietate de stiluri de redare și metode de colorare. Moleculele sunt afișate ca una sau mai multe” reprezentări”, în care fiecare reprezentare întruchipează o anumită metodă de redare și schemă de colorare pentru un subset selectat de atomi. Atomii afișați în fiecare reprezentare sunt aleși folosind o sintaxă extinsă de selecție a atomilor, care include operatori Booleni și expresii regulate. VMD oferă o interfață grafică completă de utilizator pentru controlul programului, precum și o interfață text folosind TCL parser încorporabil pentru a permite scripturi complexe cu substituție variabilă, bucle de control și apeluri de funcții. Este acceptată înregistrarea completă a sesiunii, care produce un script de comandă VMD pentru redarea ulterioară. Imaginile raster de înaltă rezoluție ale moleculelor afișate pot fi produse prin generarea de scripturi de intrare pentru a fi utilizate de un număr de aplicații fotorealiste de redare a imaginilor. VMD a fost, de asemenea, proiectat în mod expres cu capacitatea de a anima traiectorii de simulare a dinamicii moleculare (MD), importate fie din fișiere, fie dintr-o conexiune directă la o simulare MD care rulează. VMD este componenta de vizualizare a MDScope, un set de instrumente pentru rezolvarea interactivă a problemelor în biologia structurală, care include și programul paralel MD NAMD și software-ul MDCOMM utilizat pentru conectarea programelor de vizualizare și simulare. VMD este scris în C++, folosind un design orientat pe obiecte; programul, inclusiv codul sursă și documentația extinsă, este disponibil gratuit prin ftp anonim și prin World Wide Web.