VMD is een moleculair grafisch programma ontworpen voor de weergave en analyse van moleculaire samenstellingen, in het bijzonder biopolymeren zoals eiwitten en nucleïnezuren. VMD kan gelijktijdig een aantal structuren weergeven met behulp van een breed scala aan weergavestijlen en kleurmethoden. Moleculen worden weergegeven als een of meer” representaties”, waarin elke representatie een bepaalde rendering methode en kleurschema voor een geselecteerde subset van atomen belichaamt. De atomen weergegeven in elke representatie worden gekozen met behulp van een uitgebreide atom selectie syntaxis, die Booleaanse operatoren en reguliere expressies omvat. VMD biedt een complete grafische gebruikersinterface voor programmabesturing, evenals een tekstinterface met behulp van de TCL integreerbare parser om complexe scripts met variabele substitutie, regellussen en functieaanroepen mogelijk te maken. Volledige sessie logging wordt ondersteund, die een VMD Commando script produceert voor later afspelen. Hoge-resolutie rasterbeelden van weergegeven moleculen kunnen worden geproduceerd door het genereren van input scripts voor gebruik door een aantal fotorealistische beeld-rendering toepassingen. VMD is ook uitdrukkelijk ontworpen met de mogelijkheid om moleculaire dynamica (MD) simulatie trajecten animeren, geïmporteerd uit bestanden of van een directe verbinding met een lopende MD-simulatie. VMD is de visualisatie component van MDScope, een set van tools voor interactieve probleemoplossing in de structurele biologie, die ook het parallelle MD programma NAMD, en de mdcomm software gebruikt om de visualisatie en simulatie programma ‘ s te verbinden. VMD is geschreven in C++, met behulp van een object-georiënteerd ontwerp; het programma, inclusief broncode en uitgebreide documentatie, is vrij beschikbaar via anonieme ftp en via het World Wide Web.