VMD er et molekylært grafikprogram designet til visning og analyse af molekylære samlinger, især biopolymerer såsom proteiner og nukleinsyrer. VMD kan samtidig vise et vilkårligt antal strukturer ved hjælp af en lang række gengivelsesformer og farvemetoder. Molekyler vises som en eller flere” repræsentationer”, hvor hver repræsentation inkorporerer en bestemt gengivelsesmetode og farveskema for en valgt delmængde af atomer. Atomerne, der vises i hver repræsentation, vælges ved hjælp af en omfattende syntaks for atomvalg, som inkluderer boolske operatorer og regulære udtryk. VMD giver en komplet grafisk brugergrænseflade til Programstyring samt en tekstgrænseflade ved hjælp af TCL-indlejrbar parser for at give mulighed for komplekse scripts med variabel substitution, kontrolsløjfer og funktionsopkald. Fuld session logning understøttes, som producerer en VMD kommando script til senere afspilning. Rasterbilleder i høj opløsning af viste molekyler kan produceres ved at generere inputskripter til brug af et antal fotorealistiske billedgengivelsesapplikationer. VMD er også udtrykkeligt designet med evnen til at animere molekylær dynamik (MD) simuleringsbaner, importeret enten fra filer eller fra en direkte forbindelse til en kørende MD-simulering. VMD er visualiseringskomponenten i MDScope, et sæt værktøjer til interaktiv problemløsning i strukturel biologi, som også inkluderer det parallelle MD-program NAMD og mdcomm-programmet, der bruges til at forbinde visualiserings-og simuleringsprogrammerne. VMD er skrevet i C++ ved hjælp af et objektorienteret design; programmet, inklusive kildekode og omfattende dokumentation, er frit tilgængeligt via anonym ftp og via Internettet.