VMD ist ein molekulares Grafikprogramm zur Darstellung und Analyse von molekularen Baugruppen, insbesondere Biopolymeren wie Proteinen und Nukleinsäuren. VMD kann gleichzeitig eine beliebige Anzahl von Strukturen mit einer Vielzahl von Rendering-Stilen und Färbemethoden anzeigen. Moleküle werden als eine oder mehrere „Darstellungen“ angezeigt, wobei jede Darstellung ein bestimmtes Rendering-Verfahren und Farbschema für eine ausgewählte Teilmenge von Atomen verkörpert. Die in jeder Darstellung angezeigten Atome werden mithilfe einer umfangreichen Atomauswahlsyntax ausgewählt, die Boolesche Operatoren und reguläre Ausdrücke enthält. VMD bietet eine vollständige grafische Benutzeroberfläche für die Programmsteuerung sowie eine Textschnittstelle, die den einbettbaren Tcl-Parser verwendet, um komplexe Skripte mit Variablenersetzung, Regelschleifen und Funktionsaufrufen zu ermöglichen. Die vollständige Sitzungsprotokollierung wird unterstützt, wodurch ein VMD-Befehlsskript für die spätere Wiedergabe erstellt wird. Hochauflösende Rasterbilder von angezeigten Molekülen können durch Erzeugen von Eingabeskripten zur Verwendung durch eine Anzahl von fotorealistischen Bildwiedergabeanwendungen erzeugt werden. VMD wurde auch ausdrücklich mit der Fähigkeit entwickelt, Molekulardynamik-Simulationstrajektorien (MD) zu animieren, die entweder aus Dateien oder aus einer direkten Verbindung zu einer laufenden MD-Simulation importiert werden. VMD ist die Visualisierungskomponente von MDScope, einer Reihe von Werkzeugen zur interaktiven Problemlösung in der Strukturbiologie, zu der auch das parallele MD-Programm NAMD und die MDCOMM-Software zur Verbindung der Visualisierungs- und Simulationsprogramme gehören. VMD ist in C ++ geschrieben und verwendet ein objektorientiertes Design; Das Programm, einschließlich Quellcode und umfangreicher Dokumentation, ist über anonymes FTP und über das World Wide Web frei verfügbar.