En 1794, Pinel rend public son essai « Mémoire sur la folie », récemment appelé texte fondamental de la psychiatrie moderne. Pinel y plaide pour une étude psychologique attentive des individus dans le temps, souligne que la folie n’est pas toujours continue et appelle à davantage de pratiques d’asile humanitaire.

En 1798, Pinel publie une classification des maladies faisant autorité dans sa Nosographie philosophique ou méthode de l’analyse appliquée à la médecine. Bien qu’il soit à juste titre considéré comme l’un des fondateurs de la psychiatrie, ce livre l’établit également comme le dernier grand nosologue du XVIIIe siècle. Si la Nosographie semble aujourd’hui complètement datée, elle était si populaire en son temps qu’elle a connu six éditions entre sa publication initiale et 1818. Pinel a basé sa nosologie sur les idées de William Cullen, employant la même terminologie biologiquement inspirée des « genres » et des « espèces » de désordre. La classification de Pinel des troubles mentaux a simplifié les « névroses » de Cullen en quatre types de troubles mentaux de base: mélancolie, manie (folie), démence et idiotisme. Les éditions ultérieures ont ajouté des formes de « folie partielle » où seulement celle des sentiments qui semblent être affectés plutôt que la capacité de raisonnement.

Le premier dérangement mental s’appelle la mélancolie. Les symptômes sont décrits comme « taciturnité, un air pensif et pensif, de sombres soupçons et un amour de la solitude. »: 136 On note que Tibère et Louis XI ont été soumis à ce tempérament. Louis était caractérisé par le déséquilibre entre l’état d’amertume et de passion, la morosité, l’amour de la solitude et l’embarras des talents artistiques. Cependant, Louis et Tibère étaient similaires en ce sens qu’ils étaient tous les deux trompeurs et planifiaient un voyage délirant sur des sites militaires. Finalement, tous deux furent exilés, l’un sur l’île de Rhodes et l’autre dans une province de Belgique.: 137 Les personnes atteintes de mélancolie sont souvent plongées dans une idée sur laquelle toute leur attention est focalisée. D’une part, ils restent réservés pendant de nombreuses années, retenant amitiés et affection tandis que de l’autre, il y en a qui font un jugement raisonnable et surmontent l’état sombre.: 141 La mélancolie peut aussi s’exprimer sous des formes polaires opposées. Le premier se distingue par un sens exalté de l’importance de soi et des attentes irréalistes telles que l’atteinte de la richesse et du pouvoir. La deuxième forme est marquée par un profond désespoir et une grande dépression.:207 En général, les individus atteints de mélancolie ne font généralement pas preuve d’actes de violence, bien qu’ils puissent trouver cela extrêmement fantaisiste. La dépression et l’anxiété se produisent habituellement ainsi que la morosité de caractère fréquente.:149 Pinel remarque que la mélancolie peut s’expliquer par l’ivresse, des anomalies de la structure du crâne, des traumatismes crâniens, des affections de la peau, diverses causes psychologiques telles que les catastrophes domestiques et l’extrémisme religieux, et chez les femmes, les menstruations et la ménopause.:204

Le deuxième dérangement mental est appelé manie sans délire. Elle est décrite comme une folie indépendante d’un trouble qui altère les facultés intellectuelles. Les symptômes sont décrits comme pervers et désobéissants.:150-151 Un cas où ce type d’espèce de dérangement mental se produit où un mécanicien, qui était confiné à l’asile de Bicetre, a connu de violentes explosions de fureur maniaque. Les paroxysmes consistaient en une sensation de brûlure située dans la région abdominale, accompagnée de constipation et de soif. Le symptôme s’est propagé à la poitrine, au cou et au visage. Quand il a atteint les tempes, la pulsation des artères a augmenté dans ces zones. Le cerveau a été affecté à une certaine longueur, mais néanmoins, le patient a pu raisonner et adhérer à ses idées. Une fois, le mécanicien a connu un paroxysme furieux chez lui où il a averti sa femme de fuir pour éviter la mort. Il a également connu la même fureur périodique à l’asile où il a comploté contre le gouverneur.: 152-153 Le caractère spécifique de la manie sans délire est qu’elle peut être perpétuelle ou sporadique. Cependant, il n’y avait pas de changement raisonnable dans les fonctions cognitives du cerveau; seulement des pensées perverses de fureur et une tendance aveugle aux actes de violence.:156

Le troisième dérèglement mental est appelé manie avec délire. Il se caractérise principalement par l’indulgence et la fureur, et affecte les fonctions cognitives. Parfois, il peut se distinguer par un humour insouciant et gay qui peut s’aventurer hors du chemin dans des suggestions incohérentes et absurdes. D’autres fois, il peut être distingué par des prétentions orgueilleuses et imaginaires à la grandeur. Les prisonniers de cette espèce sont très délirants. Par exemple, ils proclameraient avoir mené une bataille importante, ou assisteraient au prophète Mohammad invoquant la colère au nom du Tout-Puissant. Certains déclament sans cesse sans aucune preuve de choses vues ou entendues tandis que d’autres voient des illusions d’objets de différentes formes et couleurs.: 156-157 Le délire persiste parfois avec un certain degré de tumulte frénétique pendant plusieurs années, mais il peut aussi être constant et le paroxysme de la fureur se répète à différents intervalles.: 158 Le caractère spécifique de la manie avec délire est le même que la manie sans délire en ce sens qu’elle peut être soit continue, soit cyclique avec des paroxysmes réguliers ou irréguliers. Il est marqué par une forte excitation nerveuse, accompagnée d’un déficit d’une ou plusieurs des fonctions des capacités cognitives avec des sentiments de vivacité, de dépression ou de fureur.:159

Le quatrième dérangement mental est appelé démence, ou autrement connu sous le nom d’abolition de la pensée. Les caractéristiques comprennent l’insouciance, l’inexactitude extrême et les anomalies sauvages. Par exemple, un homme qui avait été éduqué sur l’ancienne noblesse marchait vers le début de la révolution. Il se déplaçait sans relâche dans la maison, parlant sans cesse et criant avec passion pour des raisons insignifiantes. La démence s’accompagne généralement d’un mouvement déchaîné et rebelle, d’une succession rapide d’idées formées dans l’esprit et de sentiments passionnés qui sont ressentis et oubliés sans l’attribuer à des objets.: 160-162 Ceux qui sont en captivité de démence ont perdu la mémoire, même ceux attribués à leurs proches. Leur seul souvenir est celui du passé. Ils oublient instantanément des choses dans le présent – vues entendues ou faites. Beaucoup sont irrationnels parce que les idées ne circulent pas de manière cohérente.: 417Les propriétés caractéristiques de la démence sont qu’il n’y a pas de valeur de jugement et que les idées sont spontanées sans lien.: 163 Le caractère spécifique de la démence contient une progression rapide ou une succession continue d’idées isolées, l’oubli d’une condition antérieure, des actes répétitifs d’exagération, une diminution de la réactivité aux influences extérieures et un manque total de jugement.:164

Le cinquième et dernier dérangement mental est appelé idiotisme, ou autrement appelé « oblitération des facultés et affections intellectuelles. »: 165 Ce trouble est dérivé d’une variété de causes, telles qu’un plaisir extravagant et débilitant, un abus d’alcool, une profonde tristesse, une étude diligente, des coups agressifs à la tête, des tumeurs au cerveau et une perte de conscience due à un blocage de la veine ou de l’artère. L’idiotisme incarne une variété de formes. L’une de ces formes s’appelle le crétinisme, qui est une sorte d’idiotisme relatif aux anomalies personnelles. Il est bien connu dans le Valais et dans certaines parties de la Suisse.: 318 La plupart des personnes qui appartiennent à ce groupe sont soit déficientes dans la parole, soit limitées aux énoncés inarticulés des sons. Leurs expressions sont sans émotion, leurs sens sont étourdis et leurs mouvements sont mécaniques. Les idiots constituent également le plus grand nombre de patients dans les hôpitaux. Les individus qui ont une réactivité aiguë peuvent subir un choc violent à l’extrême que toutes les activités du cerveau peuvent être arrêtées lors d’une action ou complètement éradiquées. Un bonheur inattendu et une peur exagérée peuvent probablement survenir à la suite d’un choc violent.: 165-166 Comme mentionné précédemment, l’idiotisme est le plus courant chez les patients hospitalisés et est incurable. À l’asile de Bicetre, ces patients représentent un quart de la population totale. Beaucoup meurent après quelques jours d’arrivée, ayant été réduits à des états de stupeur et de faiblesse. Cependant, certains qui récupèrent avec la régénération progressive de leur force retrouvent également leurs capacités intellectuelles. Beaucoup de jeunes qui sont restés dans l’état d’idiotisme pendant plusieurs mois ou années sont attaqués par un spasme de manie active entre vingt et trente jours.: 168 Le caractère spécifique de l’idiotisme comprend l’extermination partielle ou complète de l’intellect et des affections, l’apathie, les sons déconnectés, inarticulés ou la déficience de la parole, et les explosions absurdes de passion.:172

Dans son livre Traité médico-philosophique sur l’aliénation mentale ; ou la manie, publié en 1801, Pinel discute de son approche psychologiquement orientée. Ce livre a été traduit en anglais par D. D. Davis en tant que Traité sur la folie en 1806, bien que Davis ait substitué l’introduction de Pinel à la sienne, laissant de côté, entre autres, les éloges forts de Pinel pour Alexander Crichton. Le livre de Pinel a eu une énorme influence sur les psychiatres français et anglo-américains au cours du XIXe siècle. Il voulait dire par aliénation que le patient se sent comme un étranger (étranger) au monde des « sains d’esprit ». Un thérapeute sympathique vivant dans ce monde pourrait être capable de voyager dans l’expérience du patient, de comprendre les « aliénés », leur langage et éventuellement de les ramener dans la société.:284

En 1802, Pinel publia La Médecine Clinique qui s’inspirait de ses expériences à la Salpêtrière et dans laquelle il prolongeait son précédent ouvrage sur la classification et la maladie.

Pinel fut élu à l’Académie des Sciences en 1804 et fut membre de l’Académie de médecine dès sa fondation en 1820. Il meurt à Paris en 1826.